为了保证《中华人民共和国企业所得税法》的顺利实施，日前国家税务总局特制定办法（视野编辑按：具体文件见新闻后面的链接）对跨省市总分机构企业所得税收入的征缴和分配进行了详细的规定。办法自2008年1月1日起执行。《财政部关于印发的通知》（财预[2002]5号）同时废止。《财政部国家税务总局中国人民银行关于所得税收入分享改革后有关预算管理问题的通知》（财预明电[2001]3号）中有关跨省市经营企业所得税预算管理的规定同时停止执行。
分成方式明确
《通知》明确，属于中央与地方共享收入范围的跨省市总分机构企业缴纳的企业所得税，按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法，总分机构统一计算的当期应纳税额的地方分享部分，25％由总机构所在地分享，50％由各分支机构所在地分享，25％按一定比例在各地间进行分配。
四类情形不适用分成管理
属于铁路运输企业（包括广铁集团和大秦铁路公司）、国有邮政企业、中国工商银行股份有限公司、中国农业银行、中国银行股份有限公司、国家开发银行、中国农业发展银行、中国进出口银行、中央汇金投资有限责任公司、中国建设银行股份有限公司、中国建银投资有限责任公司、中国石油天然气股份有限公司、中国石油化工股份有限公司以及海洋石油天然气企业泡括港澳台和外商投资、外国海上石油天然气企业）等企业总分机构缴纳的企业所得税（包括滞纳金、罚款收入）为中央收入，全额上缴中央国库，不实行本办法。
不具有主体生产经营职能且在当地不缴纳营业税、增值税产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级分支机构以及上年度符合条件的小型微利企业及其分支机构，不实打行本办法。
在中国境内未跨省市设立不具有法人资格营业机构的居民企业，其企业所得税征收管理及收入分配办法，仍按原规定执行，不实行本办法。
居民企业在中国境外设立不具有法人资格营业机构的，不实行本办法。企业按本办法计算有关分期预缴企业所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其境外营业机构。
汇总清算政策明确
文件明确，各分支机构不进行企业所得税汇算清缴，统一由总机构按照相关规定进行。总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除总机构和各境内分支机构已预缴的税款，多退少补。
（一）补缴的税款由总机构全额就地缴入中央国库，不实行与总机构所在地分享。总机构所在地税务机关开具税收缴款书，预算科目按企业所有制性质对应填写1010442项“总机构汇算清缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60％，中央40％（待分配）”。
国库部门收到税款后，按共享收入进行业务处理，将其中60％列入中央级1010442项“总机构汇算清缴所得税”下有关目级科目，40％列入中央级1010443项“企业所得税待分配收入”下有关目级科目。
（二）多缴的税款由总机构所在地税务机关开具收入退还书并按规定办理退库。收入退还书预算科目按企业所有制性质对应填写1010442项“总机构汇算清缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60％、中央40％（待分配）”。国库部门办理时，按共享收入进行业务处理，将所退税款的60％列中央级1010442项“总机构汇算清缴所得税”下有关目级科目，40％列中央级1010443项“企业所得税待分配收入”下有关目级科目。
跨省市总分机构企业缴纳的所得税税款滞纳金、罚款收入，不实行跨地区分享，按中央与地方60：40分成比例就地缴库。需要退还的所得税税款滞纳金和罚款收入仍按现行管理办法办理审批退库手续。
