一、增值税
(一)进项税额
1.用于抵扣进项税额的增值税专用发票是否真实合法：是否有开票单位与收款单位不一致或票面所记载货物与实际入库货物不一致的发票用于抵扣。
2.用于抵扣进项的运费发票是否真实合法;是否有与购进和销售货物无关的运费申报抵扣进项税额;是否有以购进固定资产发生的运费或销售免纳增值税的固定资产发生的运费抵扣进项税额;是否有以国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票抵扣进项;是否存在以开票方与承运方不一致的运输发票抵扣进项;是否存在以项目填写不齐全的运输发票抵扣进项税额等情况。
3.是否存在未按规定开具农产品收购统一发票申报抵扣进项税额的情况，具体包括：向经销农产品的单位和个人收购农产品开具农产品收购发票;扩大农产品范围，把非免税农产品(如方木、枕木、道木、锯材等)开具成免税农产品(如原木);虚开农产品收购统一发票(虚开数量、单价、抵扣税款)。
4.用于抵扣进项税额的废旧物资发票是否真实合法。
5.用于抵扣进项税额的废旧物资发票是否真实合法。
6.是否存在购进固定资产申报抵扣进项税额的情况。
7.是否存在购进材料、电、汽等货物用于在建工程、集体福利等非应税项目等未按规定转出进项税额的情况。
8.发生退货或取得折让是否按规定作进项税额转出。
9.用于非应税项目和免税项目、非正常损失的货物是否按规定作进项税额转出。
10.是否存在净返利挂入其他应付款、其他应收款等往来账或冲减营业费用，而不作进项税额转出的情况。
(二)销项税额
1.销售收入是否完整及时入账：是否存在以货易货交易未记收入的情况：是否存在以货抵债收入的情况：是否存在销售产品不开发票，取得的收入不按规定入账的情况;是否存在销售收入长期挂账不转收入的情况;是否存在将收取的销售款项，先支付费用(如购货方的回扣、推销奖、营业费用、委托代销商品的手续费等)，再将余款入账作收入的情况。
2.是否存在视同销售行为，未按规定计提销项税额的情况：将自产或委托加工的货物用于非应税项目、集体福利或个人消费，如用于内设的食堂、宾馆、医院、托儿所、学校、俱乐部、家属社区等部门，不计或少计应税收入;将自产、委托加工或购买的货物用于投资、分配、无偿捐助等、不计或少计应税收入。
3.是否存在开具不符合规定的红字发票冲减应税收入的情况;发生销货退回，销售折扣或折让，开具的红字发票和账务处理是否符合税法规定。
4.是否存在购进的材料、水、电、汽等货物用于对外销售、投资、分配及无偿赠送，不计或少计应税收入的情况：收取外单位或个人水、电、汽等费用，不计、少计收入或冲减费用;将外购的材料改变用途，对外销售、投资、分配及无偿赠送等未按视同销售的规定计税。
5.向购货方收取的各种价外费用(例如手续费、补贴、集资费、返还利润、奖励费、违约金、运输装卸费等等)是否按规定纳税。
6.设有两个以上的机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送到其他机构(不在同一县市)用于销售，是否作销售处理。
7.对逾期未收回的包装物押金是否按规定计提销项税额。
8.是否有应缴纳增值税项目的业务按工营业税缴纳。
9.增值税混合销售行为是否依法纳税：对增值税税法规定应视同销售征税的行为是否按规定纳税;从事货物运输业务的单位和个人，发生销售货物并负责运输所售货物的混合销售行为，是否按规定缴纳增值税。
10.兼营的非应税劳务的纳税人，是否按规定分别核算货物或应税劳务和非应税劳务的销售额;对不分别核算或者不能准确核算的，是否按增值税的规定一并缴纳增值税。
11.按照增值税税法规定应征收增值税的代购货物、代理进口货物的行为，是否缴纳了增值税。
12.免税货物是否依法核算：增值税纳税人免征增值税的货物或应税劳务，是否符合税法的有关规定;有无擅自扩大免税范围的问题;军队、军工系统的增值税纳税人，其免税的企业、货物和劳务范围是事符合税法的规定;福利、校办企业其免税的企业、货物和劳务范围是否符合税法的规定;兼营免税项目的增值税一般纳税人，其免税额、不予抵扣的进项税额计算是否准确?
二、营业税
重点检查是否存在以下问题：
(一)营业收入是否完整及时入账
1.现金收入不按规定入账。
2.不给客户开具发票，相应的收入不按规定入账。
3.收入长期挂账不转收入。
4.向客户收取的价外费未依法纳税。
5.以劳务、资产抵债未并入收入记税。
6.不按《营业税暂行条例》规定的时间确认收入，递延纳税义务。
(二)关联企业间提供应税劳务、转让无形资产、销售不动产价格明显偏低又无正当理由，申报纳税时不做调整。
(三)按税法规定负有营业税扣缴义务而未依法履行扣缴税款。
(四)兼营不同税率的业务时，高税率业务适用低税率。
三、企业所得税
自查各项应税收入是否全部按税法规定缴税，各项成本费用是否按照所得税税前扣除办法的规定税前列支、具体自查项目应至少涵盖以下问题：
(一)收入方面
1.企业资产评估增值是否并入应纳税所得额。
2.企业从境外被投资企业取得的所得是否未并入当期应纳税所得税计税。
3.持有上市公司的非流通股份(限售股)，在解禁之后出售股份取得的收入是否未计入应纳税所得额。
4.企业取得的各种收入是否存在未按所得税权责发生制原则确认计税的问题。
5.是否存在利用往来账户延迟实现应税收入或调整企业利润。
6.取得非货币性资产收入或权益是否计入应纳税所得额。
7.是否存在视同销售行为未作纳税调整。
8.是否存在各种减免流转税及各项补贴、收到政府奖励，未按规定计入应纳税所得额。
9.是否存在接受捐赠的货币及非货币资产、未计入应纳税所得额。
10.是否存在企业分回的投资收益，未按地区差补缴企业所得税。
(二)成本费用方面
1.是否存在利用虚开发票或虚列人工费等虚增成就。
2.是否存在使用不符合税法规定的发票及凭证，列支成本费用。
3.是否存在将资本性支出一次计入成本费用：在成本费用中一次性列支达到固定资产标准的物品未作纳税调整;达到无形资产标准的管理系统软件，在营业费用中一次性列支，未进行纳税调整。
4.内资企业的工资费用是否按计税工资的标准计算扣除;是否存在工效挂钩的工资基数不报税务机关务案确认，提取数大于实发数。
5.是否存在计提的职工福利费、工会经费和职工教育经费超过计税标准，未进行纳税调整。
6.是否存在计提的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和职工住房公积金超过计税标准，未进行纳税调整。
是否存在计提的补充养老保险、补充医疗保险、年金等超过计税标准，未进行纳调整。
7.是否存在擅自改变成本计价方法，调节利润。
8.是否存在超标准计提固定资产折旧和无形资产摊销：计提折旧时固定资产残值率低于税法规定的残值率或电子类设备折旧年限与税收规定有差异的，未进行纳税调整;计提固定资产折旧和无形资产摊销年限与税收规定有差异的部分，是否进行了纳税调整。
9.是否存在超标准列支业务宣传费、业务招待费和广告费。
10.是否存在擅自扩大技术开发费用的列支范围，享受税收优惠。
11.专项基金是否按照规定提取和使用。
12.是否存在企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支持的租金和特许权作用费进行税前扣除。
13.是否存在扩大计提范围，多计提不符合规定的准备金，未进行纳税调整。
14.是否存在从非金融机构供款利息支出超过按照金融机构同期贷款利率计算的数额，未进行纳税调整。
15.企业从关联方借款金额超过册资金50%的，超过部分的利息支持是否在税前扣除。
16.是否存在已作损失处理的资产，部分或全部收回的，未作纳税调整;是否存在自然灾害或意处事故损失有补偿的部分，未作纳税调整。
17.是否存在开办费摊销期限与税法不一致的，未进行纳税调整。
18.是否存在不符合条件或超过标准的公益救济性捐赠,未进行纳税调整。
19.是否存在支付给总机构的管理费无批复文件，或不按批准的比例和数额扣除，或提取后不上交的，未进行纳税调整。
20.是否以融资租赁方式租入固定资产，视同经营性租赁，多摊费用，未作纳税调整。
(三)关联交易方面
是否存在与其关联企业之间的业务往来，不按照独立企业之间的业务往来收取或者支持价款、费用而减少应纳税所得额的，未作纳税调整。
四、个人所得税
自查企业以各种形式向职工发放的工薪收入是否依法扣缴个人所得税、重点自查项目如下：
1.为职工建立的年金;
2.为职工购买的各种商业保险;
3.超标准为职工支付的养老、失业和医疗保险;
4.超标准为职工缴存的住房公积金;
5.以报销发票形式向职工支付的各种个人收入;
6.车改补贴、通信补贴。如果所在省制定了免税补贴标准(税前扣除标准)的，在标准限额内的部分可免予征收个人所得税，在标准外以发票方式为职工报销费用的，计入当月个人收入征税;未明确税前扣除标准的，就合理确定补贴中因私用形式的个人收入部分，扣缴个人所得税;
7.为职工所有的房产支持的暖气费、物业费;
8.股票期权收入。实行员工股票期权计划的、员工在行权时获得的差价收益，是否按工薪所得缴纳个人所得税;
9.以非货币形式发放的个人收入是否扣缴个人所得税。
