债券利息收入免征企业所得税是一项长期的税收优惠政策。现结合税收案例分析：
某公司2014年发生有关债券投资业务如下：
1.2014年4月1日取得到期国库券利息收入10万元。
2.2013年5月12日以100.5万元在沪市购买记账式国债(单位面值为100元，共计面值100万元)，该国债起息日为2013年4月21日，每年4月21日兑付利息，票面利率为3%。2014年3月8日，该公司将购买的国债转让，取得转让价款105.5万元。
3.2013年4月1日在某商业银行债券市场认购了某地方政府发行的2013年债券，票面金额合计80万元，票面注明年利率为1.5%，付息日期为每年4月1日。在2014年4月1日，该公司收到地方政府债券利息收入1.2万元，并于同年7月1日将该债券转让，转让价款合计83.5万元。
4.取得其他公司债券利息收入15万元。
全年会计利润300万元，企业所得税税率25%。若无其他纳税调整事项，计算企业所得税及税后净利润。
案例分析
1.国库券利息收入免税;
2.在兑付期前转让国债的，应在国债转让收入确认时确认利息收入的实现;
3.国债持有者在二级市场转让国债取得的收入，应征收企业所得税;
4.地方政府债券利息所得免征;
5.其他债券利息收入应征收企业所得税。
上述业务1中取得的国库券利息收入10万元免税;业务2中的国债持有天数为300天(从2013年5月12日到2014年3月7日)，国债利息2.46万元[100×(3%÷365)×300]，国债转让所得2.54万元(105.5-2.46-100.5)应申报纳税;业务3取得的地方债券利息收入1.2万元免征，转让地方政府债券投资所得3.5万元(103.5-100)应申报纳税。
计算如下：
应纳税所得额=300-10-2.46-1.2=286.34(万元)
应纳企业所得税=286.34×25%=71.59(万元)
税后净利润=300-71.59=228.41(万元)。
政策依据
1.国债利息收入免税法定
企业所得税法第二十六条明确企业取得的“国债利息收入”为免税收入，其实施条例对其具体范围作出了更为明确的规定。税法规定的免税国债利息收入，是指企业持有国务院财政部门发行的国债取得的利息收入，不包括持有外国政府国债取得的利息收入，也不包括持有企业发行的债券取得的利息收入，而仅限于持有中国中央政府发行的国债。
换言之，对由外国政府发行的国债利息收入应计征企业所得税。
值得注意的是，税法虽规定国债利息收入为免税收入，但并不意味着与国债有关的收入都可以免税，对于国债持有者在二级市场转让国债取得的收入，应作为转让财产收入计算缴纳企业所得税。
2.地方政府债券利息所得免征
为增强地方安排配套资金和扩大政府投资的能力，国家允许发行地方政府债券，且实行财政部代理发行和还本付息的办法。在这种“代办”模式下，地方债信用等级接近于国债。根据《财政部、国家税务总局关于地方政府债券利息所得免征所得税问题的通知》(财税〔2011〕76号)及《财政部、国家税务总局关于地方政府债券利息免征所得税问题的通知》(财税〔2013〕5号)规定，对税法规定的债券利息免税收入扩围，将企业和个人取得的2009年、2010年、2011年、2012年及以后年度发行的地方政府债券利息收入，列入免征企业所得税和个人所得税范围。
注意事项
到期前转让国债利息收入的确认。根据《国家税务总局关于企业国债投资业务企业所得税处理问题的公告》(国家税务总局公告2011年第36号)，对企业到期前转让国债、或者从非发行者投资购买的国债，其持有期间尚未兑付的国债利息收入，按以下公式计算确定：国债利息收入=国债金额×(适用年利率÷365)×持有天数。
债券利息收入免征实行自行申报管理方式，无须审批。
申报时须提交资料清单：
1.购买国务院财政部门发行的国债及取得利息的证明资料;
2.购买地方政府债券及取得利息的证明资料。
