1.销售货物并向购买方开具专用发票后，如发生退货或销售折让，应视不同情况分别按以下规定办理：
购买方在未付货款并且未作账务处理的情况下，须将原发票联和税款抵扣联主动退还销售方。销售方收到后，应在该发票联和税款抵扣联及有关的存根联、记账联上注明“作废”字样，作为扣减当期销项税额的凭证。未收到购买方退还的专用发票前，销售方不得扣减当期销项税额。属于销售折让的，销售方应按折让后的货款重开专用发票。
在购买方已付货款，或者货款未付但已作账务处理，发票联及抵扣联无法退还的情况下，购买方必须取得当地主管税务机关开具的进货退出或索取折让证明单(以下简称证明单)送交销售方，作为销售方开具红字专用发票的合法依据。销售方在未收到证明单以前，不得开具红字专用发票;收到证明单后，根据退回货物的数量、价款或折让金额向购买方开具红字专用发票。红字专用发票的存根联、记账联作为销售方扣减当期销项税额的凭证，其发票联、税款抵扣联作为购买方扣减进项税额的凭证。
购买方收到红字专用发票后，应将红字专用发票所注明的增值税额从当期进项税额中扣减。如不扣减，造成不纳税或少纳税的，属于偷税行为。
2.一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件，按作废处理。作废条件是指：收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月;销售方未抄税并且未记账;购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号码认证不符”、“专用发票代码，号码认证不符”。
3.关于丢失增值税专用发票的处理：一般纳税人丢失已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证;如果丢失前未认证的，购买方凭专用发票复印件到主管税务机关认证，认证相符的，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证。
4.关于对代开、虚开增值税专用发票的处理：对纳税人取得代开、虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法抵扣凭证抵扣进项税额。代开、虚开发票构成犯罪的，按全国人大常委会发布的《关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》处以刑罚。
5.纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理：当主管税务机关确认购货方在真实交易中取得的供货方虚开的增值税专用发票属于善意取得时，的处理方法是对购货方不以偷税论处，但应按有关规定不予抵扣进项税款。
