建筑工程总分包业务差额计征营业税时，风险主要体现在以下几个方面
(1)建筑工程的转包不可以差额计征营业税。
《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》(中华人民共和国建设部124号令)第十三条规定：“禁止将承包的工程进行转包。不履行合同约定，将其承包的全部工程发包给他人或者将其承包的全部工程肢解后以分包的名义分别发包给他人的，属于转包行为。”《中华人民共和国建筑法》(中华人民共和国主席令第46号)第二十八条规定：“禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。”《中华人民共和国营业税暂行条例》(中华人民共和国国务院令第540号)第五条第(三)项规定：“纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额。”基于这些政策法律规定，在建筑工程总分包之间，如果总承包方把工程转包给个人还是建筑企业(无论有五建筑资质)，则总承包方必须全额缴纳营业税，而不能差额计征营业税。
(2)总承包人把建筑工程分包给个人或没有建筑资质的公司，不可以差额计征营业税。
《中华人民共和国建筑法》(中华人民共和国主席令第46号)第二十九条规定：“建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位;禁止总承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位。”同时，《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》(中华人民共和国建设部124号令)第八条规定：“严禁个人承揽分包工程业务。”第十四条第(一)规定：“分包工程发包人将专业工程或者劳务作业分包给不具备相应资质条件的分包工程承包人的是违法分包。”根据以上政策法律规定，如果总承包人将建筑工程分包给个人或没有建筑资质的公司，必须全额缴纳营业税，而不可以差额计征营业税。
(3)安装工程、装修工程、修缮工程和其他工程的总分包之间不可以差额计征营业税。
《中华人民共和国营业税暂行条例》(中华人民共和国国务院令第540号)第五条第(三)项规定：“纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额。”基于此规定，总分包之间差额计征营业税，只限于建筑工程。根据国家税务总局关于印发《营业税税目注释》(试行稿)的通知(国税发「1993」第149号)第二条的规定，所谓建筑工程是指新建、改建、扩建各种建筑物、构筑物的工程作业，包括与建筑物相连的各种设备或支柱、操作平台的安装或装设工程作业，以及各种窑炉和金属结构工程作业在内。因此，如果安装工程、装修工程、修缮工程和其他工程的总承包方把其中的部分安装工程、装修工程、修缮工程和其他工程分包给其他人(无论是个人还是公司)，都不能享受差额计征营业税的税收待遇。
各别地区也有可以差额纳税的规定，但不宜扩展到其他地区执行。如《新疆维吾尔自治区地方税务局关于建筑工程分包营业税差额征税管理的公告》(新疆维吾尔自治区地方税务局公告2013年第6号)第一条就规定，本公告所称建筑工程分包，包括建筑、安装、装饰、修缮、其他作业等工程分包以及建筑工程劳务作业分包。
(4)总包人没有履行法定申报程序的，不可以差额计征营业税。
为了差额计征营业税，总承包人必须履行一定的法定申报程序。概而言之，主要符合以下申报程序：分包人必须向总包人开具建安发票，而且总承包人必须向建筑劳务所在地地税局提供分包人开具的建筑业发票和税收缴款书复印件;有的地方税务机关要求分包额除以总包额小于50%.《中华人民共和国建筑法》(中华人民共和国主席令第46号)第二十九条第二款规定：“施工总承包的，建筑工程主体结构的施工必须由总承包单位自行完成。”基于此规定，一个建筑工程的主体工程在总工程中一定超过50%，有的地方税务局在审查总分包时，如果总包只做工程的一小部分，则认定为总包发生转包行为，不可以差额计征营业税。
另外，总承包人必须持总分包合同到工程所在地的地税局进行备案登记，并且必须向工程所在地的地税局进行建筑工程项目登记，申报纳税。(中国税网)
