(1)付款人开户银行对付款人逾期支付的款项，应当根据逾期付款金额和逾期天数，按每天万分之五计算逾期付款赔偿金(滞纳金)，将其划给收款单位。其计算公式为：
应付滞纳金=逾期未付金额×延期天数×扣收比例
逾期付款天数从承付期满日算起。承付期满日银行营业终了时，付款人如无足够资金支付，其不足部分，应当算作逾期一天，计算一天的赔偿金。在承付期满的次日(如遇例假日，逾期付款赔偿金的天数计算也相应顺延，但在以后遇到例假日应当照算逾期天数)银行营业终了时，仍无足够资金支付，其不足部分，应当算作逾期两天，计算两天的赔偿金，其余类推。银行审查拒绝付款期间，不能算作付款人逾期付款，但对无理的拒绝付款而增加银行审查时间的，应从承付期满日算起，计算逾期付款赔偿金。
例：大明公司的托收承付款项184000元，于5月6日承付期满，因存款不足只划付了100000元，到5月26日才全部付清，扣收比例为0.05%，那么：
逾期未付金额=184000元一100000元=84000元
延期天数为20天
应付滞纳金=84000元×20天×0.05%=840元
(2)按照规定，赔偿金实行定期扣付，每月计算一次，于次月3日内单独划给收款人。次月又有部分付款的，从当月1日起计算赔偿金，随同部分支付的款项划给收款人，对尚未支付的款项，从当月1日起到月终再计算赔偿金，于第三个月3日内划给收款人。第三个月仍有部分付款的，按照上述方法计付赔偿。
赔偿金的扣付列为企业销货收入扣款顺序的首位，如付款入账户余额不足全额支付时，应排列在工资之前，并对该账户采取“只收不付”的控制方法，待一次足额扣付赔偿金后，才准予办理其他款项的支付。因此而产生的经济后果，由付款人自行负责。
付款人开户银行对逾期未付的托收凭证，负责进行扣款的期限为3个月(从承付期满日算起)。在此期限内，银行必须按照扣款顺序陆续扣款。期满时，如果付款人仍无足够资金支付该笔尚未付清的欠款，银行应于次日通知付款人将有关交易单证(单证已作账务处理或已部分支付的，可以填制“应付款项证明单”)，在两日内退回银行。银行将有关结算凭证连同交易单证或应付款项证明单退回收款人开户银行转交收款人，并将应付的赔偿金划给收款人。对付款人逾期不退回单证的，开户银行应当自发出通知的第三天起，按照尚未付清欠款的金额;每天处以万分之五但不低于50元的罚款，并暂停付款人向外办理结算业务，直到退回单证时为止。
(3)重新托收。收款人对被无理拒绝付款的托收款项，在收到退回的结算凭证及其所附单证后，如需委托银行重办托收，应当填写四联“重办托收理由书”，将其中三联连同购销合同、有关证据和退回的原托收凭证及交易单证，一并送交银行，经开户银行审查，确属无理拒绝付款，可以重办托收。
