一、清算单位的确定
由于房地产开发企业开发周期长、销售房屋频繁，每次转让房屋均进行土地增值税纳税申报不具有可操作性，所以，财政部制定的《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条开创了预征—清算制度，即“纳税人在项目全部竣工前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。”由此可见，房地产开发企业土地增值税清算应该针对的是房地产开发项目。国税发【2006】187号规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。”何为“分期开发的项目”，由于国家税务总局从未发文明确，实务中引发了众多争议。在各省的土地增值税清算中，有的地方以 “工程规划许可证”作为分期的标准，例如辽宁、安徽、宁波、重庆、厦门、湖北、海南;有的以“销售许可证”作为分期的标准，例如深圳;有的以税务局审核后的企业会计核算对象作为分期的标准，例如大连;还有的并未发文明确。清算单位的不确定使得纳税人无所适从。
二、清算条件中“完成销售”和“已转让”的界定
国税发【2009】091号第九条规定：“纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算。 ……(一)房地产开发项目全部竣工、完成销售的;……” 该文件第十条规定：“对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。 ……(一)已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;……”何为“完成销售”和“已转让”?国家税务总局的文件并没有明确规定。如，某开发商开发楼盘中1号楼全部签订预售合同，但尚未交房，其是否属于“完成销售”或“已转让”?再如，已经签订预售合同且已经交房，但尚未办理产权证是否属于“完成销售”或“已转让”?概念的不明晰，是税企就企业是否已达到清算条件而发生争议的重要原因。
三、成本对象的分类
国税发【2009】091号规定：“清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算;对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算;对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。” 根据上述规定， 同一清算单位存在不同类型的房地产时，应分别计算增值额。实务中，同一清算单位内划分成几种成本对象，对土地增值税的计算影响巨大。例如某楼盘清算单位内有普通标准住宅，其增值额是-2亿元;豪华别墅，其增值额是+1亿元;商铺，其增值额是+1亿元。如果将该清算单位内的开发产品划分为三种成本对象，则其土地增值税计算时的增值额为+2亿元;如果将该清算单位内的开发产品划分为普通标准住宅和非普通标准住宅两个成本对象，则其土地增值税计算时的增值额为+2亿元;如果将该清算单位内的开发产品划分为住宅和非住宅两个成本对象，则其土地增值税计算时的增值额为+1亿元。对该问题国家税务总局没有明确的规定，各个省份的划分种类缺乏统一性。有的地方分为两类，如辽宁、宁夏、浙江、西安、安徽、江西等，有的地方则划分为三类，例如江苏、重庆、河南、广西、福建、湖北等，而宁波则划分为四类。
四、普通标准住宅是否可以与非普通标准住宅合并计算?
根据《土地增值税暂行条例》的规定，普通标准住宅的增值率未超过20%，可享受免税待遇。在实务中，由于某些地产项目中普通标准住宅是负增值，而非普通标准住宅是正增值，此时企业会提出放弃普通标准住宅的免税待遇，要求将两者合并计算增值额。现天津和安徽出台文件允许合并，而大多数省份不允许合并计算。不同房产类型是否应当强制分开清算? 这是实务中税企争议另一个焦点。
五、普通标准住宅的认定条件
国办发〔2005〕26号将享受税收优惠的普通住宅的条件界定为：建筑容积率在1.0以上、单套建筑面积在120平方米以下、实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格1.2倍以下，并授权各省、自治区、直辖市对单套建筑面积和价格标准适当浮动，但向上浮动的比例不得超过上述标准的20%。在各省出台的普通标准住宅的认定条件上，存在争议较大的是面积标准和价格标准。
1、面积标准
各省根据实际情况出台的单套建筑面积标准有120平方米、140平方米和144平方米。但单套建筑面积是以单栋楼为单位计算的每套平均面积还是每套房屋建筑面积为单位。例如河北省曾出台文件，以单栋楼为单位，平均单套建筑面积在140平方米(含 140平方米)以下，而北京则是以每套房屋建筑面积计算。
2、价格标准
在各省规定的普通住宅条件中均有价格标准，但是由于很多城市的房产局没有公布同级别土地上住房平均交易价格，导致在土地增值税清算过程中价格标准条件常形同虚设，甚至引发税企争议。例如合肥市房产局曾在2005年公布合肥市望江街地段普通住房可享受税收政策优惠的价格标准3400元，该市某开发商2007年销售该地段房屋，销售均价约4000元。税务局以2005年标准认定该开发产品不属于普通标准住宅，不应享受免税待遇，但企业提出由于合肥市房产局在2007年并未公布价格标准,所以应适用企业从网上自行收集整理的价格标准。该税企税款争议金额达2000万元之多。
六、公寓是否属于普通标准住宅?
在我国，公寓大致可以分为三类：普通公寓、商务公寓、酒店式公寓。普通公寓的用地性质为住宅用地，使用权为70年，对该类公寓争议较少，一般认定为住宅，如符合普通标准住宅的认定条件，可以享受优惠待遇。实务中争议较大的是商务公寓和酒店式公寓。这两种公寓既可以用于办公又可以用于居住，在划分成本对象类型时，应认定为住宅还是非住宅呢?有的税务局依据商务公寓或酒店式公寓的用地性质进行区分，如果建在使用权为40年的商业用地上则认定为非住宅。但有的商务公寓或酒店式公寓的用地性质属于商住混合用地，使用权为50年，且产权类型登记为公寓。
七、财政返还款的处理
各地政府为了招商引资常对区域内拿地的开发商给予一定的财政奖励，即在开发商依法纳税后将地方留成部分按比例给予财政返还。另外，实务中也常常出现开发商拿地前政府已经承诺土地最低价格，在招拍挂拿地时超出政府承诺最低价格部分会以财政返还方式将开发商缴纳的土地出让金给予返还。对这些财政返还如何进行税务处理呢?土地增值税清算时，由于土地成本和开发成本不仅可以据实扣除，而且还可以加计20% 扣除，所以房地产开发企业更希望政府的财政返还可以作为收入处理，不用冲减成本。但税务局却要求企业冲减成本，而不是作为收入。由此引发税企争议。
八、甲供材问题
甲供材就是甲供材料，所谓“甲供材料”建筑工程，是指由基本建设单位提供原材料，施工单位仅提供建筑劳务的工程。这是土地增值税清算时税企争议的频发地带。例如甲开发商采购甲供材60万元，工程承包给乙建筑公司，工程款40万元。根据《营业税暂行条例》的规定，乙建筑公司虽然只收到40万元工程款，却需要将60万元甲供材计入营业额缴纳营业税。在实务中，可能会出现两种偷税现象：第一种，乙建筑公司只就40万元计算缴纳营业税，为甲公司开具40万元的建安发票，甲公司凭60万元材料的增值税发票和 40万元的建安营业税发票入开发成本科目。该种情况下乙公司少交了营业税;第二种，乙公司就100万元全额缴纳营业税，为甲公司开具100万元建安发票。此时甲公司已经有100万元的建安发票，可能会在采购材料时不索要60万元材料的增值税发票，导致材料供应商少交增值税。由于以票控税的征管模式在甲供材领域出现了征管盲区，所以在实务中经常出现基层税务局要求房地产开发企业对甲供材缴纳营业税后，必须取得建安发票才能在土地增值税清算中扣除，由此引发税企争议。
九、红线外支出
“红线外支出”是指在房地产开发企业项目建设用地边界外，即国家有关部门审批的项目规划外承建设施发生支出。房企发生红线外支出可能有两种情况：一种是红线外为政府建设公共设施或其他工程是招拍挂拿地时的附带条件，该种情况下，红线外支出相当于土地成本的一部分;另一种是开发商为了提升红线内楼盘的品质，在红线外自行建造建筑物或基础设施。实务中各地对“红线外支出”的处理五花八门，例如江苏规定：“项目规划范围之外的，其开发成本、费用一律不予扣除。”;而湖北的文件则区分红线外支出是否与项目存在直接关联，如果存在计入成本;如果不能提供证据证明存在直接联系，如为了开发商提升环境品质，则不得计入本项目扣除金额。
十、人防车位面积是可售面积还是不可售面积?
由于人防车位的法律权属尚存争议，所以在土地增值税清算时，人防车位的扣除成为税企最富争议的问题之一。土地增值税清算实务中对人防车位的争议主要存在于人防车位的面积是作为可售面积还是不可售面积。有的地方，例如北京、江苏、青岛、湖南等，要求企业提供证据证明人防车位是否属于移交全体业主或者移交人防部门，如果未移交，则作为可售面积，如果移交则作为公共配套，计入不可售面积。有的地方则允许企业将人防车位直接处理为不可售面积。
十一、变相销售地下车位是否应确认土地增值税清算收入?
无产权车位包括两种：一种是人防车位，一种是非人防无产权车位。实务中开发商对无产权车位可能采取变相销售的方式，例如有的开发商与业主签订一次性车位转让使用权合同，或者是与业主签订车位租赁合同，租期为二十年，二十年之后的使用权赠送等方式变相销售车位。对该种变相销售的地下车位取得的收入是否作为土地增值税清算的收入?由于中央没有明确的规定，实务中态度分成截然不同的两种，一种是实质重于形式，将无产权地下车位的变相销售收入确认为土地增值税清算收入，同时允许成本扣除，例如河南、湖北、青岛、天津、浙江、湖南;一种是形式重于实质，将无产权地下车位的变相销售收入不确认为土地增值税清算收入，同时不允许成本扣除，例如辽宁、新疆、北京、西安等。与无产权车位类似的问题还有销售小产权房是否征收土地增值税。
十二、成本分摊方法的选择
国税发【2006】187号规定：“属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。” 国税发【2009】91号规定：“纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。”上述规定对土地增值税清算时公共成本的分摊方法给予了选择的空间,只要是合理的方法企业都可以采用。成本分摊方法有占地面积法、建筑面积法、层高系数法、预算成本法等。但在实务中，基层税务局为了防止企业通过自由选择分摊方法操纵避税空间，常对企业成本分摊方法的选择给予限制。如某开发商采用占地面积法分摊土地成本，但税务局只允许用建筑面积法分摊，税企争议金额有5000万元。现对成本分摊方法给予限制的地方有天津、宁波、青岛、江苏、海南、浙江、大连等。有的地方规定同一清算单位内成本分摊只能采用建筑面积法，例如大连、浙江、海南，有的地方允许建安成本采取层高系数法分摊，例如福州、湖南。各地规定不一而足、五花八门。
十三、清算后又发生成本是否允许二次清算?
企业达到清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，此时是否允许企业申请对曾经清算过的项目进行重新清算呢?现北京、湖北、广西、大连、青岛允许二次清算，而浙江则规定将清算后发生的成本计入清算后再转让的房地产中扣除。类似的问题还有清算后取得已清算项目的合法扣除凭证，以及清算后实际支付的公共配套设施费是否允许二次清算。
十四、分立是否征收土地增值税?
《土地增值税暂行条例》第二条规定:“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物(以下简称转让房地产)并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人(以下简称纳税人)，应依照本条例缴纳土地增值税。”根据上述规定，土地增值税征税的前提条件是“转让房地产”并“取得收入”。企业分立导致的房地产权属转移是否属于“转让房地产”且“取得收入”呢?分立是《公司法》上的组织变更行为，不同于一般的房地产交易。分立除涉及转移营业部门财产的物权与债权行为外，还可能涉及到组织设立行为。此外分立的实行，还会发生财产承受与股东地位取得的效果，带有浓厚的组织法色彩。由于国家税务总局未发文明确，各地对分立是否属于土地增值税的征税范围执行口径出现较大的差异。例如青岛地税局在青地税函〔2009〕47号中规定：“房地产开发企业依照法律规定、合同约定分设为两个或两个以上的企业，对派生方、新设方承受原企业房地产的，不征收土地增值税。” 海南地税局在琼地税函[2010]265号中规定：“根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第二条规定，海南华润石梅湾湾旅游开发有限公司存续分立分割土地的行为，不属于‘有偿转让房地产’范围，因此，不征收土地使增值税。”以上两个地方明确分立不属于土地增值税的征税范围。而新疆地税局公告 2014年第1号则规定：“在公司分立中，公司依照法律规定、合同约定分立为两个或两个以上与原公司投资主体相同的公司，对派生方和新设方承受原公司房地产的，不征收土地增值税。投资主体相同是指分立后各公司投资人名称和出资比例均不发生改变。凡改变上述两项内容的，均属于投资主体发生改变。……对于分立或合并后的公司为房地产开发企业(或从事房地产开发)的不适用上述规定。”根据上述文件，新疆地税将分立不征土地增值税限定为投资主体相同且分立后的企业为非房地产开发企业。其他省份未出台分立土地增值税的税收政策，但实践中有某企业因股东僵局进行分立，被税务局征收1.3亿元土地增值税的案例。
十五、新设合并是否征收土地增值税?
财税字【1995】48号规定：“在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。”该规定对兼并中的房地产权属转移给予了暂免征收土地增值税的税收优惠待遇。但何为“兼并”呢?根据《公司法》的规定，公司合并分为吸收合并和新设合并。兼并的概念是单指吸收合并还是包含了吸收合并和新设合并两种类型呢?由于中央的立法文件缺乏明确表述，这也成为实务中争议的问题之一。
十六、整体资产转让是否征收土地增值税?
企业将其资产(含土地使用权或不动产)与其有关的债权、债务、劳动力一起打包转让时，是否应单独对资产包中的土地使用权或不动产征收土地增值税?云南地税局曾以云地税一字[2001]1号文件保山市地税局批复：“对企业是由人(企业劳动者和经营管理者)和物(企业货币资金、机器设备、原材料、建筑物及其占有的土地)组成的统一体，企业整体资产出售或整个企业所有权转移，并非仅仅是不动产所有权、土地使用权和原材料等物资所有权发生转移，而是整个企业(包括人和物)的产权发生转移。因此，根据现行税法规定，对企业整体资产出售或整个企业所有权转移的行为，不征收营业税和土地增值税。”但除了云南地税外，其他省份没有发文明确。笔者接触到某借壳上市案例，在壳上市公司将整体资产转让时征收了土地增值税，金额高达数千万元。
十七、股权转让是否征收土地增值税?
由于企业转让房地产需要缴纳土地增值税、营业税及附加，受让方需要缴纳契税，而股东转让持有公司股权只需要缴纳所得税和印花税。因此，有些企业将转让资产行为改变交易模式，变成企业股东转让持有公司100%股权。如果企业以转让股权方式转让房地产，税务局是否有权力对该股权转让行为征收土地增值税呢?国家税务总局曾在国税函〔2000〕687号中对深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源(钦州)实业有限公司100 %的股权一案给广西省地税局批复：“鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源(钦州)实业有限公司100 %的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税”。但该文件仅是针对个案且仅批复至广西省地税局。基层税务局是否有反避税的权力对股权转让行为刺破公司面纱征收土地增值税?启动反避税要满足什么样的条件，反避税应遵循何种程序，企业有何救济渠道?由于缺乏明确的规定，导致实务中税企常常因这些问题发生争议。
十八、“四项成本”不实如何核定征收?
国税发【2006】第187号规定：“房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。具体核定方法由省税务机关确定。”前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费，实务中一般被简称为“四项成本”。上述文件赋予各省税务局对“四项成本”不实以“核定”的权力，并将核定方法下放至各省税务机关确定。但何为“四项成本”不实呢?例如北京地税局制定了四项开发成本的造价扣除标准(即《分类房产单位面积四项成本核定表》)，向社会公布。当房地产开发企业土地增值税清算时申报的四项成本扣除额明显高于该分类房产单位面积四项成本扣除金额标准，又无正当理由的，则依据公布的造价标准扣除。“明显高于”实务中如何来把握呢?“合理理由”如何来把握?北京地税局是否有权力基于四项成本金额超标又无理由，就认定四项成本不实而启动核定征收?除北京外，大连、福州、青岛、成都等多地均出台类似的四项成本不实核定征收的规定。国家税务总局是否有权力授予基层局核定四项成本的权力?四项成本不实的认定应遵循何种标准和程序?
十九、如何认定“价格明显偏低且无合理正当理由”?
国税发【2009】91号规定：“在土地增值税清算中符合以下条件之一的，可实行核定征收。……(五)申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。”在实务中，何为“计税价格明显偏低”和“正当理由”常常是税企争议的焦点。例如对明显偏低的认定，是低于销售均价的20%、30%还是50%?再如笔者曾接触到某案件，某房地产开发企业在受让土地时，根据土地所在地政府的要求，在开发产品中需提供若干平方米房地产(包括住宅和非住宅)，并且约定的房价低于成本价。此时是否认定该计税价格有合理正当理由?企业认为不应进行调整，但税务局坚持该房屋以成本价销售给政府，计税价格明显偏低且不具备合理理由。
二十、纳税人结清土地增值税的时间
根据国税发〔2009〕91号的规定，纳税人应在满足清算条件或收到清算通知书之日起90日内，到主管税务机关办理清算申报手续。主管税务机关受理纳税人清算资料后，应在一定期限内及时组织清算审核。土地增值税清算审核结束，主管税务机关应当将审核结果书面通知纳税人，并确定办理补、退税期限。 按该清算规程的规定，企业在收到税务局的审核结论后，才有结清土地增值税税款的义务。或者说，企业需要交纳的土地增值税的金额并不是以企业自行申报为主，而是要经过税务机关的审核确定。那么对清算申报后主管税务机关通过审核查补的税款，是否应该就申报期届满之次日加收滞纳金呢?该问题涉及到土地增值税清算到底是以纳税人自行申报为主还是以税务机关审核为主。武汉地税局曾以武地税发〔2013〕30号明确：“对清算申报后主管税务机关通过审核查补的税款，应自申报期届满之次日起加收滞纳金。”但其他很多地方并未要求审核查补的税款加收滞纳金。
