企业的薪酬制度与工资的税负密切相关。在实务中，企业一般根据薪酬制度确定发放方法，进而产生相应的纳税基数及其税负。所以，要想节约工资涉及的企业所得税和个人所得税，必须从设计薪酬制度入手，依据现行的税收政策，制定更为节税的薪酬制度。
(1)工资税前扣除的范围
依据现行税法，合理工资薪金才能在企业所得税税前扣除;不合理的部分，不允许在税前扣除。这就影响了企业所得税的纳税成本。所以，明确税法规定的“合理工资薪金”范围，才能让发放的工资薪金全额在税前扣除。
国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知(国税函[2009]3号)第一条“关于合理工资薪金问题”明确：“合理工资薪金”是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。并要求税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：(一)企业制订了较为规范的员工工资薪金制度;(二)企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平;(三)企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的;(四)企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务;(五)有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
这就要求企业必须依据上述五条原则，设计、制定工资薪金制度，确保工资薪金全额在税前扣除。
(2)工资薪酬制度要具有节税功能
现代企业的工资薪酬制度，除了激励功能外，还应具备节税功能。依据国税函[2009]3号“五条原则”，企业可以最大限度地减轻企业所得税。在此基础上，若遵循“分开发(分工资和奖金两部分报酬发放”和“平均发(每月的工资薪酬尽量平均发放)”两点设计原则，又可减轻个人所得税。这也是我们的一贯主张。
(3)工资薪酬制度应考虑的相关问题
1)一些单位在年终发放“第13个月工资”，依据税法该工资应并入当月工资薪金所得合并纳税。所以，作为“第13个月工资”发放是否合适，要不要改为年终奖(可以享受2005年9号文的优惠政策)，各个单位要算一算账，根据结果进行选择。
2)工资与社保基金密切相关，很多地方的社保基金就是跟着工资走的，所以要考虑工资变动引起的社保基金的变化，及其相关成本。
3)企业发放实物、有价证券等非货币工资，应并入当月工资总额纳税。
