案件：
税务部门对A企业开展检查时发现A企业同其注册在其他省份的总部公司B之间的销售合同定价低于公允价格，要求对该项关联交易价格进行调整并按照《中华人民共和国税收征收管理法》(以下简称“征管法”)第32条规定：“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金，”补交所属期间增值税、企业所得税税款并加收滞纳金。A企业认可对关联交易价格进行调整，但认为补交所属期间企业所得税税款应按照《特别纳税调整实施办法(试行)》(国税发[2009]2号，以下简称“实施办法”)加收利息而非滞纳金。税务部门认为：此项补税不是对企业进行转让定价调查发现的，而是经过税务稽查发现并予以处理，A企业的行为属于少计收入导致税款流失，理应按照征管法承担法律责任。
如果按照实施办法第107条规定，特别纳税调整应对2008年1月1日以后发生的交易补征的企业所得税税款，按日加收利息，利息率按照税款所属纳税年度12月31日实行的与补税期间同期的中国人民银行人民币贷款基准利率(以下简称“基准利率”)加5个百分点计算，并按一年365天折算日利息率。例如，如果税款应当在一至三年前的所属期间补缴。如果按照2014年11月26日的一至三年贷款基准利率为6%加5个百分点计算，补缴的税款年利率为11%。而按照征管法第32条规定，企业每年需缴纳的滞纳金占税款的比例=0.0005×365×100%=18.25%，远高于按照实施办法加收的利息率。
本案的焦点在于对关联交易转让定价的调整产生的补缴企业所得税税应当加收利息还是滞纳金。从征管法第32条规定来看，对纳税人加收滞纳金的前提之一是存在“未按照规定期限缴纳税款”的事实，而根据征管法第52条，因税务机关的责任导致未按规定期限缴纳税款的，不得加收滞纳金，该条款间接规定了加收滞纳金的第二个前提：纳税人存在过错。将两个前提相结合可以限定滞纳金的适用条件：纳税人知道或应当知道纳税义务发生，而由于主管故意或过失导致未按规定期限缴纳税款。滞纳金既是对企业偷漏税款的经济补偿，又带有对企业过错的惩罚性，实际是一种执行罚，属于行政强制范围。而实施办法第107条是对特别纳税调整事项的特殊规定，将调整产生的纳税义务看做是企业占用国家资金，因此加收的利息属于经济补偿性质，不具有惩罚意义。
具体到本案，A企业与总部开展关联交易时已经按照购销合同开具发票并全额申报纳税，但企业是否知道或应当知道在税务部门进行纳税调整会导致产生补交税款的纳税义务不可一概而论。如果根据“经济人假设”的理性判断，有符合独立交易原则的事由和依据导致关联交易价格与市场公允价格存在差异(例如需要交纳品牌使用费用或销售渠道拓展费用)，只是税务部门有证据认为此项事由和依据对交易价格的影响不够合理(例如品牌使用费用或销售渠道拓展费用定价偏高)，则企业在交易发生时无从知晓会产生纳税调整的补交税款义务，因此不应从交易发生当期起加收滞纳金。只有企业在税务部门已经下达处理决定的规定期限内仍不缴纳，才能在期限届满后加收滞纳金。如果企业的交易价格与市场公允价格存在导致明显不公平的重大差异，且无合理的事由和依据，则企业在交易发生时就应当知道自己已经通过这种行为少承担了纳税义务，因此应当从交易发生当期起加收滞纳金。
如何判断不公平关联交易价格的事由和依据是否符合独立交易原则?我认为，如果独立主体之间也可能以相同的事由和依据按此价格达成交易，则事由和依据是合理的。如果意思表示真实的独立主体在当时的情况下不可能按此价格达成交易，则可以认为事由和依据不合理，例如，企业对交易发生时已经完全被淘汰的落后技术支付技术服务费。需要注意的是，1.判断事由和依据是否合理必须结合交易发生时的情况而非做出处理决定时的情况，例如在交易发生时市场萧条，供过于求，即使后来市场形势已经好转，也不能说明交易时的较低价格不合理;2.不能仅因为交易价格高于或低于市场公允价格，或低于成本销售就认为定价不合理，而需要查明是否存在由于当时的交易环境和产品本身属性导致价格不公允的原因。例如在面临拆迁的集贸市场中以低价清仓销售货物，或在滞销时以低于成本的价格销售临近保质期的鲜活产品，交易价格偏低是由于交易环境不利和产品本身容易贬值。这两点的相关证据需要企业在交易发生时注意保留，因为事后取证难度较大。
本案中税务部门以税务稽查案件为由对特别纳税调整事项补缴的税款加收滞纳金的理由存在瑕疵。尽管实施办法第五章“转让定价调查及调整”对转让定价调查作出了特殊规定，但是对补交的税款适用加收利息还是滞纳金不取决于税务部门启动的是税务稽查程序还是转让定价调查程序，而是需要证实企业是否存在过错，即在交易发生时知道或应当知道会因此项交易少承担纳税义务，如果能够证实企业存在过错，可以适用征管法第32条规定加收滞纳金;否则应按照实施办法的规定加收利息。
