2007年7月1日起施行的《中华人民共和国农民专业合作社法》确立了农民专业合作社的法律地位。为促进农民专业合作社的健康发展，国家相继出台了一些税收优惠政策。但由于目前相关增值税配套政策制定得太过笼统，缺乏系统性，不利于增值税优惠政策的贯彻落实，最突出的问题表现为一般纳税人从农民专业合作社购进免税农产品取得的增值税普通发票能否抵扣进项税额。
如某屠宰厂(系一般纳税人)从某生猪养殖专业合作社(系一般纳税人)购进生猪(系农民专业合作社成员生产的免税农业产品)，取得的增值税普通发票能否抵扣?
依据《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)规定：对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。该文件并未明确依据何种发票抵扣进项税额。而《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》(财税〔2012〕75号)第三条明确规定：“《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第(三)项所称的‘销售发票’，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证”。此文件的出台有点“下位法规范上位法”的味道，缩小了《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条界定的范围。因此，属于一般纳税人的生猪养殖专业合作社开具免税的增值税普通发票不能作为屠宰厂抵扣进项税额的凭证。
结合前后文件规定容易让人产生这样的误解：屠宰厂只能向生猪养殖专业合作社开具农产品收购发票，才能据以计算抵扣进项税额。而该生猪养殖专业合作社是有能力自行开具发票的纳税人，这么做显然不妥，却又没有否定的政策依据。
由于农产品收购发票由纳税人自开自抵，存在很大的弊端。为进一步规范农产品增值税进项税额扣除，堵塞征管漏洞，国家税务总局先后在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法，取消农产品收购发票只是时间问题。如果全面推行农产品增值税进项税额核定扣除办法，上述问题就迎刃而解了。但在目前，笔者还是建议上级机关尽快出台政策，明确一般纳税人从农民专业合作社购进免税农产品凭何种发票抵扣进项，减少征纳双方矛盾，降低基层执法风险，切实落实惠农政策，更好扶持农业发展。
