一、增值税一般纳税人经营地点迁移时增值税留抵税额处理
《关于一般纳税人迁移有关增值税问题的公告》(国家税务总局2011年第71号公告)规定：
(一)增值税一般纳税人(以下简称纳税人)因住所、经营地点变动，按照相关规定，在工商行政管理部门作变更登记处理，但因涉及改变税务登记机 关，需要办理注销税务登记并重新办理税务登记的，在迁达地重新办理税务登记后，其增值税一般纳税人资格予以保留，办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额允 许继续抵扣。
(二)迁出地主管税务机关应认真核实纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》。《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》一式三份，迁出地主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递迁达地主管税务机关一份。
(三)迁达地主管税务机关应将迁出地主管税务机关传递来的《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对其迁移前尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许纳税人继续申报抵扣。
二、增值税一般纳税人资产重组中增值税留抵税额处理
《关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》(国家税务总局2012年第55号公告)规定：
(一)增值税一般纳税人(以下称“原纳税人”)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称“新纳税人”)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。
(二)原纳税人主管税务机关应认真核查纳税人资产重组相关资料，核实原纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人 资产重组进项留抵税额转移单》。《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》一式三份，原纳税人主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递新纳税人主 管税务机关一份。
(三)新纳税人主管税务机关应将原纳税人主管税务机关传递来的《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对原纳税人尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许新纳税人继续申报抵扣。
三、增值税一般纳税人清算注销时增值税留抵税额处理
(一)《关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)规定：一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
(二)《企业所得税法》第八条和《企业所得税法实施条例》第三十一条的规定：企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加，准予在计算应纳税所得额时扣除。
因此虽然一般纳税人注销时留抵的增值税进项税额不予以退税，但在计算应纳税所得额时是准予扣除的。
(三)根据国家税务总局关于印发《中华人民共和国企业清算所得税申报表》的通知(国税函[2009]388号)，应将其填入《企业清算所得税申报表填报说明》附表二《负债清偿损益明细表》第9行“应交税费”中，并以此在清算申报表主表第二行“负债清偿损益”中反映。
四、“营改增”企业增值税留抵税额的处理
(一)《关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》(财税[2013]37号)规定： 原增值税一般纳税人兼有应税服务的，截止到本地区试点实施之日前的增值税期末留抵税额，不得从应税服务的销项税额中抵扣。
(二)《关于营业税改征增值税试点有关预算管理问题的通知》(财预[2013]275号)规定：纳税人兼有适用一般计税方法计税的应税服务、销售货物或应税劳务的，按照销项税额的比例划分应纳税额，分别作为改征增值税和现行增值税收入入库。
也就是说企业整体应纳税额按照销项税额的比例去划分销售货物或应税劳务和应税服务的应纳税额，从而解决“留抵税额”问题。
五、增值税留抵税额抵缴一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款的处理
(一)《关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》(国税发[2004]112号 )规定：
1.对纳税人因销项税额小于进项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。
2.纳税人发生用进项留抵税额抵减增值税欠税时，按以下方法进行会计处理：
(1)增值税欠税税额大于期末留抵税额，按期末留抵税额红字借记“应交税金——应交增值税(进项税额)”科目，贷记“应交税金——未交增值税”科目。
(2)若增值税欠税税额小于期末留抵税额，按增值税欠税税额红字借记“应交税金——应交增值税(进项税额)”科目，贷记“应交税金——未交增值税”科目。
3.为了满足纳税人用留抵税额抵减增值税欠税的需要，将《增值税一般纳税人纳税申报办法》(国税发[2003]53号)《增值税纳税申报表》(主表)相关栏次的填报口径作如下调整：
(1)第13项“上期留抵税额”栏数据，为纳税人前一申报期的“期末留抵税额”减去抵减欠税额后的余额数，该数据应与“应交税金——应交增值税”明细科目借方月初余额一致。
(2)第25项“期初未缴税额(多缴为负数)”栏数据，为纳税人前一申报期的“期末未缴税额(多缴为负数)”减去抵减欠税额后的余额数。
(二)《关于增值税进项留抵税额抵减增值税欠税有关处理事项的通知》(国税函[2004]1197号)规定：
1.关于税务文书的填开
当纳税人既有增值税留抵税额，又欠缴增值税而需要抵减的，应由县(含)以上税务机关填开《增值税进项留抵税额抵减增值税欠税通知书》(以下简称《通知书》，式样见附件)一式两份，纳税人、主管税务机关各一份。
2.关于抵减金额的确定
抵减欠缴税款时，应按欠税发生时间逐笔抵扣，先发生的先抵。抵缴的欠税包含呆账税金及欠税滞纳金。确定实际抵减金额时，按填开《通知书》的日期 作为截止期，计算欠缴税款的应缴未缴滞纳金金额，应缴未缴滞纳金金额加欠税金额为欠缴总额。若欠缴总额大于期末留抵税额，实际抵减金额应等于期末留抵税 额，并按配比方法计算抵减的欠税和滞纳金;若欠缴总额小于期末留抵税额，实际抵减金额应等于欠缴总额。
