虽然同属商业汇票，同样可以进行贴现。但是银行承兑汇票和商业承兑汇票对于逾期不能如数收回票款的处理是有差别的。对于商业承兑汇票到期不能兑现货款时，银行则将汇票退回销货单位，作为应收账款处理。对于银行承兑汇票如果购货企业到期不能足额交付票款，承兑银行则根据承兑协议，按逾期借款处理，并计收一定的罚息。因此在采用商业汇票结算方式销货时，企业应根据购货企业的资金和信用情况，有选择地使用商业承兑汇票或银行承兑汇票。
从实践经验来看，银行承兑汇票在收款人回款方面基本是没有问题的。但商业承兑汇票的风险性就会比较大，商业承兑汇票完全是以商业信用为基础，无需向银行圈存资金。由于开具商业承兑汇票无需经过严格的审查，也无严格监督管理，仅以企业信用为基础，企业应特别注意商业承兑汇票的风险防范。
在实际操作中要尽可能只接受有良好商业信用的大型企业的商业承兑汇票，或是接受关联企业的商业承兑汇票，不要接收商业信用无保障的客户开具的商业承兑汇票。其次商业承兑汇票的承兑期不能太长，最好要求客户出具见票即付的商业承兑汇票。
