研发费用加计扣除是针对企业所得税的一项优惠政策。企业在研发费用加计扣除申报时应注意从以下三个方面提高申报通过率。
注意研发费用加计扣除范围
研发费用加计扣除范围扩大。2013年9月29日，财政部、国家税务总局《关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》(财税〔2013〕70号)在国家税务总局《关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)〉的通知》(国税发〔2008〕116号)第四条规定的研发费用加计扣除范围的基础上，新增了五类费用。
企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为在职直接从事研发活动人员缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金。
专门用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用;不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费;新药研制的临床试验费;研发成果的鉴定费用。
企业在进行研发费用归集时，应将上述费用纳入加计扣除范围，增加企业的纳税调减额度，充分享受税收优惠。
企业还要关注不得纳入研发费用加计扣除范围的费用项目，包括以下几类。
外聘研发人员的劳务费用。外聘研发人员的工资、薪金、奖金、五险一金等费用，不得记入加计扣除范围，但全年累计工作满183天的外聘人员的上述费用支出，允许记入“研发费用”科目。
企业为在职直接从事研发活动人员缴纳的补充养老保险、补充医疗保险费用。根据财税〔2013〕70号文件的规定，允许纳入加计扣除范围的五险一金不包括补充养老保险和补充医疗保险费用。
研发活动所用房屋的租赁费和折旧费。除专门用于研发活动的仪器、设备外，其他用于研发活动的固定资产的租赁费和折旧费均不允许纳入加计扣除范围。
为进行研发活动发生的会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研发保险费用等。
从政府或母公司取得的研究开发费用专项拨款。
非专用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费、运行维护、调整、检验、维修费用，软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用，中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。加计扣除的研发费用强调与企业研发活动直接相关，注重专用性。若企业的上述仪器、设备、等除用于新产品、新工艺、新技术研发外，还用于企业的生产经营活动，上述费用就不能纳入加计扣除范围。
注意研发费用账务管理
企业应对研发费用进行专账管理。国税发〔2008〕116号文件规定，企业必须对研发费用实行专账管理，对未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
2013年12月31日，北京市国税局下发《北京市国家税务局、北京市地方税务局关于加强高新技术企业研究开发费用税收管理有关问题的公告》(北京市国家税务局公告〔2013〕第27号)进一步明确，企业设立研发费用辅助账是企业享受高新优惠的基本条件。虽然文件未将研发费用辅助账作为享受加计扣除的必要条件，但研发费用辅助账将是企业2014年申报加计扣除和应对税务检查的关键。
因此，企业应按照《科学技术部 财政部 国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》(国科发火[2008]362号)第四条第(二)项的标准和口径，按照会计核算要求对研发费用进行专账管理。
研发费用应按项目归集。国税发〔2008〕116号规定，企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。研发费用加计扣除的范围强调直接相关性、专门性、准确性，企业只有按项目对研发费用进行归集，才能保证研发项目与研发费用之间的关联性。
能够享受加计扣除的研发费用必须是企业从事《国家重点支持的高新技术领域目录(2011版)》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南(2011年度)》规定项目的研究开发活动支出。因此，企业在进行研发项目立项时，应选择符合要求的领域进行研发项目立项，才能顺利通过企业研究开发项目鉴定。
研发费用加计扣除政策有5方面调整：
一是放宽享受税收优惠政策的研发活动范围。原来的研发费用加计扣除政策，要求享受优惠的研发活动必须符合《国家重点支持的高新技术领域》和《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》两个目录。这次政策调整，不是采取正列举，而是反列举，参照其他一些国家的做法。除了规定那些不宜计入的研发活动之外，其他的都可以作为加计扣除的研发活动纳入到优惠范围里。这就是说，从操作上包括政策的清晰度方面，由原来的正列举变成了反列举，一些新兴业态只要不在排除范围之内，都可以实行加计扣除。
二是扩大享受加计扣除税收优惠政策的费用范围。原来享受优惠的研发费用只是限于专职研发人员的费用，以及专门用于研发的材料费用、仪器设备折旧费、无形资产的摊销等，不包括外聘研发人员的劳务费等。这导致了一些研发活动包括企业共同承担的一些研发活动，不能完整地计入到研发费用的范围之内。这次政策调整，在原来允许扣除费用的范围基础上，又将外聘人员劳务费、试制产品检验费、专家咨询费、高新科技研发保险费以及与研发直接相关的差旅费、会议费等，也纳入了研发费用加计扣除的范围。
三是简化对研发费用的归集和核算管理。原来企业享受加计扣除的优惠必须单独设置研发费用专账，但很多企业可能没有单独设立专账核算，申报的时候就不符合条件。这次调整，只是要求是在现有会计科目基础上，按照研发科目设置辅助账，辅助账比专用账简化得多，这样企业核算管理更为简化。
四是明确企业符合条件的研发费用可以追溯享受政策。可能有一些企业在实际执行过程当中，原来符合条件但是没有申报，今年在进行核算时，发现这些活动是可以列入到研发费用加计扣除的，也可以向税务机关申请，只要符合当时的加计扣除税收政策规定，可以向前追溯3年。
五是减少审核程序。原来企业享受加计扣除的优惠，必须在年度申报时向税务机关提供全部有效证明，税务机关对企业申报的研发项目有异议时，需要企业提供科技部门的鉴定书。调整后的程序是，对企业享受加计扣除简化为事后备案管理，有关的资料由企业留存备查，不需要拿到税务机关，税务机关要查证时再提供。如果对研发项目有异议，税务机关直接跟科技部门协商，由科技部门提供鉴定。企业在享受政策通道方面更便捷、更直接、效率更高。
