A公司是厦门的一家生物医药公司，2015年在广州设立了一家分公司B公司。
这两天，A公司的财务小林在年度企业所得税申报过程中遇到了不少问题，带着困惑的他特地到税务局进行咨询，如果您也是跨地区经营汇总纳税企业，在进行年度企业所得税申报时也有不少困惑，那就快看看下面这些问答吧~
一、作为分公司的B公司需要汇算清缴吗?
根据《国家税务总局关于印发的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)，跨地区经营的二级分支机构需要汇算清缴，作为分公司的B公司需要年度申报，但如果总分机构AB公司都在厦门的，目前厦门的执行方式是：统一由总机构汇总纳税，分支机构不需要年度申报。
二、A公司和B公司如何计算各自的应纳税额?
根据《国家税务总局关于印发的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)，由作为总公司的A公司汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构A和分支机构B已预缴的税款，计算出应缴应退税款，A公司缴纳应纳所得税额的50%部分，剩余的50%由各分支机构分摊(本案例中只有一个分公司B，因此剩余的50%则由B公司全部承担)。
三、作为分公司的B公司想享受研发加计扣除的税收优惠，那应该找分公司的主管税务机关广州国税备案，还是找总公司的主管税务机关厦门国税备案呢?
根据《国家税务总局关于发布《企业所得税优惠政策事项办理办法》的公告》(国家税务总局公告2015年第76号)规定：“第十四条 跨地区(省、自治区、直辖市和计划单列市)经营汇总纳税企业(以下简称汇总纳税企业)的优惠事项，按以下情况办理：
①：如果分支机构享受所得减免、研发费用加计扣除、安置残疾人员、促进就业、部分区域性税收优惠(西部大开发、经济特区、上海浦东新区、深圳前海、广东横琴、福建平潭)，以及购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资抵免税额优惠，由二级分支机构向其主管税务机关备案。其他优惠事项由总机构统一备案。
②：总机构应当汇总所属二级分支机构已备案优惠事项，填写《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》，随同企业所得税年度纳税申报表一并报送其主管税务机关。
因此，B公司的研发费用加计扣除的备案应该找分公司的主管税务机关广州国税办理。A公司应汇总B公司备案的优惠事项，填写《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》，随同企业所得税年度纳税申报表一并报送其主管税务机关厦门国税。
四、作为分公司的B公司2016年度因为台风发生了资产损失，应如何申报?
根据《国家税务总局关于印发的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)，第二十五条 汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：
①：总机构及二级分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定各自向所在地主管税务机关申报外，二级分支机构还应同时上报总机构;三级及以下分支机构发生的资产损失不需向所在地主管税务机关申报，应并入二级分支机构，由二级分支机构统一申报。
②：总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向所在地主管税务机关申报。
③：总机构将分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向所在地主管税务机关专项申报。
台风的资产损失属于专项申报。分公司B应向广州国税做资产损失专项申报，同时向总公司A报告，总公司A应以清单申报的形式向厦门国税申报。
五、A公司和B公司在办理年度汇算清缴时，应报送哪些资料?
根据《国家税务总局关于印发的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)和 《国家税务总局关于印发的通知》(国税发〔2009〕79号)的要求：
汇总纳税企业汇算清缴时，总机构除报送企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表、备案事项相关资料外，还应报送总机构及分支机构基本情况、分支机构征税方式、分支机构的预缴税情况、汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。若总公司委托中介机构代理纳税申报的，还应出具双方签订的代理合同，并附送中介机构出具的包括纳税调整的项目、原因、依据、计算过程、调整金额等内容的报告。若涉及关联方业务往来的，同时报送《中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表》。
分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表(只填列部分项目)外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表(或年度财务状况和营业收支情况)和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。
若发生资产损失、优惠备案等情况，还需依上述问题解答提供资料作为附送资料。
撰稿：海沧区国税局
