案例
某外资股东甲拥有内资A公司100%股权，现出价2000万元再次将该公司股权出售。该股权系甲5年前从一居民企业B和一个人股东C处购入，当年A公司注册资本1000万元，B占90%股权，C占10%，评估作价1200万元，甲即与B、C以评估价签订股权转让合同、报行业主管部门及工商部门审批并最终成交;但当年在办理税务登记变更时，主管税务局认定A 公司评估价偏低，将转让价核定调整为1400万元，B公司和C个人分别按税务局核定调整价缴纳了企业所得税和个人所得税，然而资产评估报告未作相应修改，股权转让合同及会计账面仍按1200万元成交价记录。A公司财务部门留存了B、C第一次股权转让后各自的所得税申报记录及完税凭证等资料备查。
日前A公司在办理第二次股东变更登记，代扣代缴甲股东二次转让所得税时，就本次股权转让计税成本是应按1400万元计算还是应按1200万元计算发生了歧义。(注：甲股东在境外地区适用的预提所得税率为10%;除股权转让交易合同印花税外，不考虑其他相关税费。)
企业观点
A公司财务人员坚持要按1400万元作为计税成本，主要基于以下两点：一是税务局不能重复收税，这是税款征收的基本原则。在第一次股权转让时，B公司和C个人是按1400万元的转让价申报缴税的，比起企业评估价1200万元调增了股权转让所得200万元，已分别由B公司多负担企业所得税45万元(200×90%×25%)，C多负担个人所得税4万元(200×10%×20%)。如果二次股权转让时，税务局认可的股权转让成本仅为1200万元，则上次调增的股权转让所得200万元被重复征税了，这肯定说不过去。二是A公司保存了B和C第一次股权转让时的申报缴税凭证，可提交税务局作为证明第二次股权转让计税成本的依据。此处会计记录成交价与纳税申报计税价之间的差异即属正常的财税差异范畴：会计账面需如实反映交易的发生，而纳税申报则以遵循税法规定为原则，二者自成体系，不能互相替代。
税务机关观点
1.企业所得税法实施条例第七十一条第(一)款规定：“投资资产按照以下方法确定成本：(一)通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本”，此处很明确规定“购买价款”才能作为投资资产的历史成本，即其计税基础。
2.《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》(国家税务总局公告2010年第27号)第四条规定得更为明确：“纳税人再次转让所受让的股权的，股权转让的成本为前次转让的交易价格及买方负担的相关税费”。
根据以上规定，本次A公司应代扣代缴甲股东股权转让企业所得税是(2000-1200-1200×0.5‰)×10%=79.94(万元)，而非(2000-1400-1200×0.5‰)×10%=59.94(万元)，因为本次转让的前一次股权转让交易的实际购买价为1200万元(买方实际缴纳的印花税0.6万元也应从转让收益中扣减)。
分析
1.A公司财务仅留存第一次股权转让的纳税申报资料等作为备查，而未调整实际转让交易记录(如资产评估报告、股权转让合同及银行转账收付凭证等)，给日后投资经营带来需多缴税的税务风险。故仅凭对重复纳税的分析来推定重组交易中股权计税成本，不足为据。
2.独立的、不知情的第三方交易价格，才是税法认定的公允价格。所以不管是企业所得税，还是个人所得税方面的法规都明确规定以“购买价”、“交易价格”等历史成本作为计税基础，除此都不予认可，从而最大程度地挤压了税务规划的空间。由此也警醒各市场投资主体准确预判税负，合理协商对价。
