案例：A公司2014年1月向上海某电器企业定制两套设备，于5月15日交付了首套，并开具增值税专用发票，注明进项税额38.58万元。由于设备在安装过程中存在质量问题，对方并未将发票转交给A公司。直至2014年12月，双方才达成协议：在交付第二套设备的价款上，给予A公司9%的优惠。如今，A公司进行网上认证时，发现对方转交的发票已过认证期。对于逾期发票，公司一筹莫展，不知道税法上是否有补救措施。
一、增值税认证税款抵扣期限
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)第一条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、货物运输统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。对于增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、货物运输统一发票、机动车销售统一发票以及海关缴款书，未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，也不得计算抵扣进项税额。
A公司应当在取得设备开具的增值税专用发票之日起180日内，通过网上认证或者到税务机关认证，才能避免因认证时间的过期而导致税款抵扣权的丧失。
不过，为了保障纳税人的合法权益，应区别对待逾期发票税款抵扣权的灭失。对此，税收政策根据纳税人不同的逾期类型制定了不同的税收待遇，逾期发票认证抵扣也就有了补救的机会。
二、逾期认证抵扣税款的条件：
《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》(国家税务总局公告2011年第50号)第一条规定，对于纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，允许纳税人继续抵扣进项税额。
具体认证的条件是：
自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期;
增值税扣税凭证被盗、被抢，或者邮寄丢失、误递导致逾期;
有关司法、行政机关在办理公务中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期;
买卖双方经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期;
企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期;
国家税务总局规定的其他情形。
对于逾期发票认证，仅限上述列举的六种类型，纳税人方可向税务机关申请，才能挽回税款抵扣权，并应报送详细的涉税资料。
三、逾期认证需要报送的资料：
(一)《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》。
(二)增值税扣税凭证逾期情况说明。具体说明未能按期办理认证、稽核比对的原因，并加盖企业公章。
(三)对客观原因不涉及第三方的，如发生自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成的逾期，应说明自然灾害或者社会突发事件发生的时间、地点、对公司生产经营的实际影响;对变更纳税地点，注销旧户、重新办理税务登记的时间过长，导致抵扣逾期的，应说明搬迁、注销、注册的时间、搬出、搬入地点;因办税人员擅自离职，未办理交接的，应说明事情的经过、办税人员姓名、离职时间等，并提供解除劳动关系合同及企业内部处理决定。
(四)对客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明。对办税人员伤亡或者突发危重疾病的，应提供公安机关、交管部门或者医院证明;对有关司法、行政机关在执法中，扣押扣税凭证，导致不能正常申报的，应提供司法、行政机关证明;对被盗、被抢、邮寄丢失、误递导致扣税凭证逾期的，应提供公安、邮政部门出具的证明或者说明;对买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税专用发票的，应提供卖方出具的说明。但对税务机关自身原因造成的，由主管税务机关作出说明。
(五)逾期增值税扣税凭证电子信息。
(六)逾期增值税扣税凭证复印件，应整洁、清晰，注明“与原件一致”，加盖企业公章，发票复印件应裁剪成与原发票一样大小。
四、逾期发票认证应防范的税收风险
一是注意逾期发票认证的条件。只有政策列举的客观原因造成的发票过期，方可获得认证抵扣税款的补救机会，如因纳税人客观以外的主观因素造成的逾期，则不能申请认证。
二是注意资料报送的完整性与程序性。逾期发票申请认证资料应详细齐全、交易内容应真实、第三方证明或说明所述的时间要有逻辑性、资料信息一致、复印件与原件一样。在程序上应遵循书面申请、各级税务机关审核、国家税务总局比对、最终抵扣税款。
三是不能提供虚假信息。纳税人不能有弄虚作假的行为，否则一经发现不但不能抵扣，而且还要被处罚。
因此，A公司可以向当地主管税务机关申请，经逐级审核后，由国家税务总局认证，方可挽回尚未抵扣的税款。
