企业补充医疗保险是指参加各项社会保险并按时足额缴纳社会保险费的企业，可在按规定参加当地基本医疗保险基础上，建立补充医疗保险，用于对城镇职工基本医疗保险制度支付以外由职工个人负担的医药费用进行的适当补助，减轻参保职工的医药费负担;商业保险是指企业为职工支付的各种商业性质的保险费用。对企业为职工支付的补充医疗保险和商业保险费用应按相关会计及税务规定处理。
一、补充医疗保险及商业保险的会计处理：
(一)关于补充医疗保险，财政部、劳动保障部《关于企业补充医疗保险有关问题的通知》(2002[18]号)规定，企业补充医疗保险费在工资总额4%以内的部分，企业可直接从成本中列支，不再经同级财政部门审批;《企业财务通则》第四十三条规定已参加基本医疗、基本养老保险的企业，具有持续盈利能力和支付能力的，可以为职工建立补充医疗保险和补充养老保险，所需费用按照省级以上人民政府规定的比例从成本(费用)中提取，但超出规定比例的部分，由职工个人负担。
关于企业为职工购买商业保险问题，会计及财务通则并未规定具体的数据及计提比例，对企业购买以商业保险形式提供给职工的各种保险待遇企业提供的职工薪酬，应按职工薪酬的原则进行确认、计量和披露。
(二)《企业会计准则第9号——职工薪酬》第五条规定：企业为职工缴纳的各种保险，在职工为企业提供服务的会计期间，根据受益对象，将应付的职工薪酬确认为负债，全部计入资产成本或当期费用。对货币性薪酬，具有明确计提标准的，按国务院及省级人民政府或经批准的企业年金计划规定计提基础和计提比例的，应按规定的计提标准计量企业承担的职工薪酬义务和计入成本费用的职工薪酬，对没有明确计提标准，企业应根据历史经验数据和自身实际情况计算确定应付职工薪酬金额和应计入成本费用的薪酬金额。
二、补充医疗保险及商业保险的税务处理：
(一)企业所得税处理：
1、补充医疗保险的企业所得税处理：《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十五条规定：企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。到目前为止，财政部、税务总局并未明确相关的范围及标准，笔者认为税法应参照会计及企业财务通则相关规定执行，对其计提比例应按照财政部、劳动保障部2002[18]号规定按工资总额4%以内的比例或按省级以上人民政府规定的比例进行所得税扣除。若各省级人民政府已规定比例的应按省级人民政府的标准计提，若未规定的，则按工资总额4%以内的比例进行税前扣除。
相关依据：
(1)《厦门市地方税务局关于转发企业补充医疗保险有关问题的通知》规定，根据财政部、劳动保障部《关于企业补充医疗保险有关问题的通知》(财社[2002]18号)文件规定，对我市为职工建立补充医疗保险的企业，其补充医疗保险在工资总额4%以内的部分，准予在缴纳企业所得税前全额扣除。
(2)《浙江省劳动和社会保障厅、浙江省财政厅关于建立企业补充医疗保险的意见》(浙劳社[2002]149号)规定为全体雇员缴纳补充养老保险、补充医疗保险，补充养老保险在不超过本企业工资总额5%的范围内、补充医疗保险在不超过本企业工资总额4%的范围内，据实在税前扣除。上述工资总额的计算应与基本养老保险、基本医疗保险计算基数一致。
2、支付商业保险的企业所得税处理：企业为职工缴纳的商业保险不得在所得税税前扣除，应作为企业应纳税所得额的纳税调整项目，调增企业应纳税所得额，交纳企业所得税。依据：
(1)《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十六条规定：除企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费和国务院、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费外，企业为投资者和职工支付的商业保险费不得扣除。
(2)国税发[2000]84号第五十条规定，纳税人为其投资者或雇员个人向商业保险机构投保的人寿保险或财产保险，以及在基本保障以外为雇员投保的补充保险，不得扣除
(二)个人所得税处理：企业为个人购买的企业补充医疗保险及商业保险应视同职工的工资收入，并入个人工资薪金所得按规定缴纳个人所得税。依据：
1、《中华人民共和国个人所得税法实施条例》(2005年修订)第25条，按国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税人的应纳税所得额中扣除。对超过国家或地方政府的比例缴付的部分应将其计入个人当期的工资、薪金收入计征个人所得税。
2、《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税税的批复》(国税函[2005]318号)规定，依据个人所得税法及有关规定，对企业为员工支付各项免税之外的保险金，应在企业向保险公司缴付时并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税，税款由企业代扣代缴。
3、《财政部、国家税务总局关于基本养老保险、基本医疗保险费、失业保险费用、住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财税[2006]10号)规定，企事业单位或个人超过国家或省级人民政府规定的比例和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险费、失业保险费用、住房公积，应将超过部分计入个人当期的工资、薪金收入计征个人所得税。
