企业实行“营改增”后，与原营业税会计核算不同的是，增值税属于价外税，即无论是销售商品、提供劳务收到的销项税额还是购进商品、接受劳务支付的进项税额，都必须在销售价款之外单独核算。这种价外税的会计核算方法可以根据企业增值税业务的繁简区分3种方法，即，简易核算法、二级账户核算法和三级账户核算法。其中，三级账户核算法更适用于增值税业务多且项目比较复杂的大中型企业一般纳税人。
三级账户核算法，是指增值税核算在“应交税费”总账(一级)科目下设置“应交增值税”、“未交增值税”、“增值税检查调整”和“抵扣进项税额”等二级明细科目，分别核算应交增值税、未交增值税、增值税检查调整和抵扣进项税额等。
在“应交增值税”二级科目下再设置“进项税额”、“已交税金”、“减免税款”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“转出未交增值税”、“销项税额”、“出口退额”、“进项税额转出”、“转出多交增值税”等科目。
三级明细科目核算方法适用于增值税业务多且项目比较复杂的大中型企业一般纳税人。其账簿格式应采用多栏式明细账。在这种方法下，各二级科目的核算内容为以下4点。
第一，“应交增值税”二级科目，借方记录企业购进货物或接受劳务支付的进项税额、已交增值税、减免税款、出口抵减内销产品应纳税额和月未转出当月应交未交增值税;贷方记录企业销售货物或提供劳务收到的销项税额、出口退税、进项税额转出和月未转出多交增值税;期末借方余额，反映企业尚未抵扣的增值税。
第二，“未交增值税”二级科目，借方记录企业月末时转入的多交的增值税;贷方记录企业月末时转入的当月应交未交增值税;期末借方余额反映多交的增值税，贷方余额反映未交的增值税。
第三，“增值税检查调整”二级科目，是根据国家税务总局《增值税日常检查办法》的规定，一般纳税人在税务机关对其增值税纳税情况检查后涉及增值税账务调整而设置的专门科目。
检查后，按应调减的进项税额或调增销项税额、进项税额转出的金额，借记有关科目，贷记应交税费——增值税检查调整;按应调增的进项税额或调减销项税额、进项税额转出的金额，借记应交税费——增值税检查调整，贷记有关科目;全部调账事项完成后，应结出该账户的余额并分别四种不同情况进行处理。
余额在借方时，应全部视同留抵进项税额，转到“应交税费——应交增值税(进项税额)”科目。
余额在贷方，且“应交税费——应交增值税”无余额时，应全额结转到“应交税费——未交增值税”科目。
若该科目余额在贷方，“应交税费——应交增值税”科目有借方余额且多于该贷方余额时，将该科目贷方余额全部转到“应交税费——应交增值税(销项税额)”科目。
若该科目余额在贷方，“应交税费——应交增值税”科目有借方余额但小于这个贷方余额，应将该贷方余额先冲转“应交税费——应交增值税”科目，剩余部分再转入“应交税费——未交增值税”科目。
第四，“待抵扣进项税额”二级科目，是“营改增”一般纳税人在辅导期内所设置的专用科目。该科目用于核算辅导期一般纳税人取得尚未进行交叉稽核比对的已认证专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书、废旧物资普通发票以及货物运输发票等的进项税额。具体会计处理如下：
在辅导期一般纳税人取得规定扣税凭证时：
借：应交税费——待折扣进行税额
贷：有关科目
在经过交叉稽核比对无误后：
借：应交税费——应交增值税(进项税额)
贷：应交税费——待折扣进项税额
经核实不得抵扣进项税额时，用红字编制一张冲销凭证：
借：应交税费——待折扣进项税额
贷：相关科目
一般纳税人应在“应交税费——应交增值税”二级科目下设置“进项税额”、“已交税金”、“减免税款”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“转出未交增值税”、“销项税额”、“出口退额”、“进项税额转出”和“转出多交增值税”等三级科目，用于分别核算进项税额、已交税金、减免税款、出口抵减内销产品应纳税额、转出未交增值税、销项税额、出口退额、进项税额转出、转出多交增值税等业务的发生情况。
