甲集团公司从事集装箱制造与销售，其下属乙子公司，生产和销售配套零件给甲公司。2012年3月，乙公司取得位于A地块国有土地使用权证，使用年限50年。土地面积13万平方米，支付出让金2184万元，缴纳契税65.52万元，发生交易费用20.48万元，合计2270万元。至2015年2月末，已累计摊销土地使用权90.80万元。
2014年2月，乙公司与甲公司签订一份土地租赁协议，按合同约定，乙公司将A地块部分土地租赁给甲公司，用于堆放集装箱，租赁期限自2014年2月1日至2019年3月1日。甲公司平整A地块发生吹砂填土费用900万元，在“在建工程”科目核算。
2015年3月，镇政府与乙公司商谈A地块收回事宜，并达成意向性补偿协议。其主要内容：镇政府收回A地块，补偿乙公司2000万元;补偿乙公司投入A地块改造补贴款700万元，合计2700万元。上述款项以银行转账方式汇入乙公司账户。
对上述交易和事项，乙公司委托税务师从税法角度，分析补偿协议条款及实施后果，诊断可能存在的税收风险并提出应对策略。
审计人员查阅了甲、乙公司会计核算资料和相关协议后，对下列事项提出质疑：甲方是受偿对象，为何没有在意向性协议中反映?乙公司对A地块未实际投入开发，为何要补偿700万元?该协议内容对税收产生哪些影响?
1.营业税金及附加
《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》(国税函〔2008〕277号)规定，纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释(试行稿)〉的通知》(国税发〔1993〕149号)规定，不征收营业税。《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》(国税函〔2009〕520号)明确，《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》(国税函〔2008〕277号)中关于县级以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，包括县级以上地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件。
审计人员了解到，该公司不能取得相应级别的文件。因此，乙公司将A地块归还给政府，属于应税转让土地行为。按营业税法规定，转让土地使用权，以全部收入减去土地使用权受让原价后的余额为营业额。乙公司应交营业税=(2700-2184)×5%=25.80(万元)，应交城建税及附加=25.80×(5%+5%)=2.58(万元)。合计28.38万元。
2.印花税
应交税额=2700×0.0005=1.35(万元)。
3.土地增值税
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税〔2006〕21号)第四条“关于因城市实施规划、国家建设需要而搬迁，纳税人自行转让房地产的征免税问题”。《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十一条第四款规定，因“城市实施规划”而搬迁，是指因旧城改造或因企业污染、扰民(指产生过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害)，而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁的情况;因“国家建设的需要”而搬迁，是指因实施国务院、省级人民政府、国务院有关部委批准的建设项目而进行搬迁的情况。
乙公司无法取得政府规划文件或批文，在转让地块过程中也不能享受免征土地增值税优惠。
土地增值额=2700-(2270+28.38+1.35)=400.27(万元)。土地增值率=400.27÷2299.73=17.41%。
应交土地增值税=400.27×30%-0=120.08(万元)。
4.企业所得税
应税所得额=2700-(2270-90.80)-(28.38+1.35+120.08)=370.99(万元)。应交企业所得税=370.99×25%=92.75(万元)。
合计应交税费=28.38+1.35+120.08+92.75=242.56(万元)。
通过分析计算，审计人员指出，乙公司与镇政府签订的一揽子补偿协议方式不当，条款中只笼统地提出将补偿款给乙方，由此增加税收负担。据了解，乙公司在与镇政府谈判过程中，没有考虑到税收因素对补偿款产生的影响。
审计人员建议，签订补偿协议应从甲乙双方各自实际经营业务出发，共同与镇政府签约，明确补偿甲方700万元、乙方2000万元。这样操作，会发生另一种税收后果。
甲公司收到土地改造补偿款700万元，应冲减“在建工程”科目，其差额200万元，应在2015年以专项申报方式税前扣除，少缴企业所得税=200×25%=50(万元)。
乙公司转让土地不能取得政府相关文件，补偿款2000万元是应税收入。
营业税：收到土地补偿款2000万元，减去取得土地支付金额2270万元，应交税金为0。
印花税=2000×0.0005=1(万元)。
土地增值税：土地增值额=2000-2270-1.00=-271(万元)，应交土地增值税为0。
企业所得税：少缴企业所得税=(2270-90.80-1.00-2000)×25%=44.55(万元)。
乙公司少缴税费合计=44.55-1.00=43.55(万元)。
甲乙双方共同与镇政府订立协议，合计少缴税费=50+43.55=93.55(万元)。
比较两种签约方式，第一种比第二种多缴税费=242.56-(-93.55)=336.11(万元)。
乙公司管理层最终采纳了审计人员提出的第二种签约方式，实现了税务优化目标。
