《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号，以下简称187号文件)第二条第二项规定，下列情形主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;2.取得销售(预售)许可证满3年仍未销售完毕的;3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;4.省税务机关规定的其他情况。
上述除第三种情形外，通常是针对已销售房地产项目。对清算后再转让房地产土地增值税的处理，187号文件第八条规定，在土地增值税清算时，未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。
实践中，按照上述处理方法，由于清算后再转让房地产价格的变化以及清算时点的不同，将导致清算对象的应纳土地增值税税额的变化，造成多缴或少缴税款的涉税风险，不符合税收“固定性”的特征。下面以案例来说明。
甲房地产公司2009年起开发了乙项目(作为清算单位，不符合减免税条件)，可售建筑面积为10万平方米，截至2012年5月，已售建筑面积为8.51万平方米，占可售面积的85.1%，税务机关要求该公司办理土地增值税清算申报。清算申报资料显示：取得土地使用权所支付的金额为6500万元、房地产开发成本25000万元、房地产开发费用3150万元，截至2012年5月，已纳可扣除的与房地产有关的税金2220万元。该公司2012年6月办理土地增值税清算申报(所属期截至2012年5月)，申报表显示：转让房地产收入总额为40000万元、扣除项目金额合计37068.45万元(税金按实扣除，其他项目均按85.1%计算)、增值额为2931.55万元，增值率为7.9%、适用税率为30%、应缴土地增值税税额为879.47万元。该公司2012年6月~12月均未实现销售，2013年1月将剩余1.49万平方米销售完毕，取得转让房地产收入10430万元，缴纳与转让房地产有关的税金578.87万元。
按照187号文件第八条规定的处理方法计算，单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额(37068.45万元)÷清算的总建筑面积(8.51万平方米)=4355.87(元/平方米)，扣除项目金额=清算时的单位建筑面积成本费用(4355.87元)×销售或转让面积(1.49万平方米)=6490.25(万元)，增值额为3939.75万元，增值率为60.70%，适用税率为40%，速算扣除系数为5%，清算后再转让应纳增值税税额为1251.39万元。该项目清算时和再转让，应缴土地增值税合计2130.86万元。
根据187号文件第二条第二项规定，该公司在2012年5月这个时点属于可通知清算的情形，若税务机关因种种原因未通知该公司清算，而该公司于2013年1月完成全部销售后清算，根据土地增值税暂行条例及其实施细则等规定计算的应缴土地增值税税额为2004.34万元(适用税率为30%，计算过程略)。
上述两种处理方法的不同，造成纳税人应缴土地增值税税额存在较大差异。这也表明187号文件第八条规定的“清算后再转让房地产的处理”方法，虽然简化了清算后的土地增值税计算，但与土地增值税暂行条例及其实施细则规定的土地增值税计算方法相悖。
针对187号文件第八条规定的处理方法存在的问题，有税务机关提出，清算后再转让土地增值税的计算方法为：再转让扣除项目金额=[(清算时的扣除项目总金额-清算时扣除的与房地产有关的税金)÷清算时已售面积]×再转让建筑面积+再转让应扣除的与房地产有关的税金，再根据增值额重新计算增值率，对照适用税率计算再转让应缴的土地增值税税额。通过数学模型计算，此办法在再转让价格与清算时价格相差不大，再转让与清算时适用税率不变的情况下，可以适用。否则，仍然会造成纳税人多缴或少缴土地增值税。同上例，按此办法计算的清算后再转让的扣除项目金额=[(清算时的扣除项目总金额37068.45万元-清算时扣除的与房地产有关的税金2220万元)÷清算时已售面积8.51万平方米]×再转让建筑面积14900平方米+再转让应扣除的与房地产有关的税金578.87万元=6680.42(万元)，增值额为3749.58万元，增值率为56.13%，适用税率为40%，速算扣除系数为5%，再转让应缴土地增值税为1165.81万元，该项目清算时和再转让应缴土地增值税合计2145.28万元，与按187号文件处理方法相比，多缴14.42万元，与销售完毕一次清算相比，多缴140.94万元。
综上所述，笔者认为，上述两种处理方法，造成土地增值税应缴税额的不确定。造成纳税人或少缴土地增值税的原因在于清算时点的自由裁量，将会形成征纳涉税风险。因此，笔者建议，对187号文件第二条第二项中前两种“可清算”情形的纳税申报，界定为土地增值税预清算申报，预清算后再转让的申报，适用187文件第八条规定的处理方法，最后一次再转让或注销前的纳税申报，应与预清算申报、预清算后再转让申报合并，并根据土地增值税暂行条例及其实施细则等规定进行最终清算，多退少补，实现清算项目土地增值税税额的唯一性和确定性。
