失控增值税专用发票是指防伪税控企业丢失被盗金税卡中未开具的专用发票以及被列为非正常户的防伪税控企业未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票。
一、根据《国家税务总局关于建立增值税失控发票快速反应机制的通知》(国税发〔2004〕123号)规定：“四、认证时失控发票和认证后失控发票的处理办法认证系统发现的‘认证时失控发票’和‘认证后失控发票’经检查确属失控发票的，不得作为增值税扣税凭证。”
二、根据《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》(国税函〔2008〕607号)规定：“在税务机关按非正常户登记失控增值税专用发票(以下简称失控发票)后，增值税一般纳税人又向税务机关申请防伪税控报税的，其主管税务机关可以通过防伪税控报税子系统的逾期报税功能受理报税。
购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，应按照规定移交稽查部门组织协查。属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。”
也就是说，属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
