1、必须是年末么?只要是本年的是不是月末季末都可以?
2、必须是定额发票或者写有公司名称的机打发票么?对发票的性质(餐饮，办公用品之类)有没有具体要求，不同行业的是不是不一样?
3、对于员工自己来说，比如我上交了1000元的定额发票和1000元的机打发票，我获得的钱是多少?是2000 还是按照一定比例 不同公司不一样?
4、上交发票获得的钱，财务那边怎么做账?是也放在应付职工薪酬么?
5、发票抵税的原理是什么?降低利润从而降低所得税么?
6、理论上来说这种发票抵税的行为是可以在一定程度上调动员工积极性同时又可以减轻公司税负的行为，为什么有些公司不采用这种措施呢?是不是只适合一般的公司，对于上市公司由于要考虑到利润，所以不采用发票抵税呢?
观点一
直接的“发票抵税”，也就是说用发票上所载的税额来抵减应交税额，这种情况基本只发生在“增值税”这个税种上，几种情况如@何贤伟 所叙。一句话概括，就是用购入增值税应税商品所缴纳的”增值税进项税额“来抵减卖出增值税应税商品的”增值税销项税额“。但是题主所说的情况应该不是这种，原因如下：
从发票上来说，这种抵扣对发票的要求是非常严格的，必须是增值税专用发票，必须在发票上机打购销双方名称和税号，必须载明商品种类、单价、价格、税额等一系列信息。出于国税局对于增值税专用发票的严格监控和这种发票主要用于企业间商品买卖的特性，个人是很难取得这种发票的。你们公司的财务不会不明白这一点。
从财务处理上说，处理这种增值税抵扣过于复杂，打个比方，如果是正常购销，公司购入一批商品，付款并取得商品及增值税专用发票，账务上按发票上的货物总价记商品入库存商品，按发票上的税务记”应交增值税——进项税额“，在这批商品卖出的时候，按开给对方的增值税专用发票上记载的卖价记收入，并将库存商品转出，同时按发票上的税务记”应交增值税——销项税额“。我们看到，任何一笔增值税进项和销项的记录，都是伴随着商品的购销的，没有无缘无故的爱，也没有无缘无故的增值税。所以，如果公司财务从其他渠道取得了增值税专用发票，并意图将其记入”应交增值税——进项税额“以供抵扣的话，他需要同时伪造购销合同、商品入库单、仓库记录、付款凭证等一系列单据，可行性太小了。而且，增值税是月申报的，每月都要向所属的国税局申报本月进项税额和销项税额，计算应缴税务并缴纳入库，如果年末单月数字变化太大且无合理解释，这差不多就是邀请税务稽查的意思。
所以，我推测，题主的公司要求他们上缴发票直接目应该是多做费用，包括管理费用，营运费用等等。终极目的嘛，很有可能是降低公司利润以减少所得税，也有可能——如果题主的公司是一个集团下属的分支机构——是为了达到集团下达的费用预算，以免来年预算被砍。
OK，下面具体回答题主的几个问题
1、必须是年末么?只要是本年的是不是月末季末都可以?
如果是以减少所得税为目的，因为所得税按季预缴，年度终了时汇算清缴，所以理论上是任何时候都可以的，但是这个事情得看你们公司的费用使用情况，比如一季度实际使用已经超了，他可能就不需要额外的发票了，比如年末有一些员工福利，不想申报个人所得税又同时可以增加费用，那也许就会需要一些额外的发票。
2、必须是定额发票或者写有公司名称的机打发票么?对发票的性质(餐饮，办公用品之类)有没有具体要求，不同行业的是不是不一样?
理论上，只要是税务局放出来的正规发票，不管是手写裁剪票、定额票、税控机打发票、税务局窗口代开发票，性质和地位都是一样的。但是要是我是会计的话，可能我也会不太喜欢手写裁剪发票和定额发票，手写发票假票多，定额发票没公司名称，都是各种查账时容易引起注意的，多一事不如少一事。至于机打发票，我了解的是，有些公司不需要一定写有公司名称，可以空白行头手写，但是写的是其他名称的就肯定不行了。但是我们是要求管辖的企业做账的发票应该是机打公司名称的，不过实际上也不是管得那么严格。
对发票的内容的要求，不同行业肯定是不一样的，有些行业员工出差很多，比如业绩增长主要靠推销的贸易业和需要上门服务的专业服务业，那么这些公司比较需要车票啊机票啊外地住宿票啊外地餐饮票啊之类的。但是像做文案为主的公司，可能就比较需要办公用品的票吧。这个的确跟行业特性和公司特点有关，总的来说就是，摊开管理费用明细账，不能说某个二级项目数额畸高，各种比例不能和上年相差太多。
3、对于员工自己来说，比如我上交了1000元的定额发票和1000元的机打发票，我获得的钱是多少?是2000 还是按照一定比例 不同公司不一样?
这个我没法回答，不同公司肯定是不一样的，因为理论上如果是正常报销，你交2000的票，你应该获得2000元，如果并不是报销而是额外的票，那大概等于你卖发票给公司，这个价格取决于你们公司对发票的渴望程度以及你们双方的议价能力吧......
4、上交发票获得的钱，财务那边怎么做账?是也放在应付职工薪酬么?
这个得分开说，比如你请客户吃饭花了1000元或者为公司买办公用品花了1000远，总之的确存在这么一个报销的业务在，那财务拿到票就是正常做账啊，记管理费用去就是了。至于额外奖励的钱或者是根本没有报销业务存在实际上是从你们手里买发票用的钱，财务那边虚构几次招待(用你们提供的额外的票)之类的，也就把钱走了。如果我是财务，我绝对不会走应付职工薪酬，反正是造假，能少动几个科目就少动几个科目。
5、发票抵税的原理是什么?降低利润从而降低所得税么?
是的，降低利润从而减低所得税。
比如，今年公司收入1000元，成本500元，可扣除的费用200元，那么利润300元，应纳所得税75元。
年末要求你们交发票，最后你们总共交了100元发票，财务依此虚增了费用100元，为获取这些发票奖励了你们共5元，这样处理之后，实际公司省下了所得税75-50=25元，扣除奖励你们的5元，实际省下了20元。
以下是我个人的一点看法，出于我国比较重的税负，公司采取一些这样的措施来逃税，这种现象还是比较普遍的。在这里我不评价这种做法，但是必须得提示以下这种做法的风险。
一当然是税务风险，假账，做得再漂亮，也有可能被发现，一旦发现就是买卖发票、偷税漏税，视金额可以非常严重
二是给了公司高管侵占公司费用的可能，还是用上面那个例子，虚增的100元费用是不再反映在你们的财务账上了的，理论上这100元已经在费用里被正常地花掉了，为了账实相符，那么公司就要将这100元从公司账户里转到一个不公开的账户中去，之后的去向嘛，反正你是不会知道了的。
观点二
先回答第三个问题：不同公司肯定不一样;
先讨论一下这种不一样：
第五个问题：如果交多少发多少就是正常报销了，这样对企业所得税没什么影响，因为现在没有工资薪金税前扣除限额了，公司直接发工资也能税前扣除，没什么意义，所以这样做主要意义在于让员工少交个人所得税，算是一项福利了(也可以少交社保);如果交多发少，可能就是企业通过增加费用来减少利润，从而达到少交企业所得税的目的。我一开始搞不懂，就算企业多确认费用少发钱，但总会有挂账，到时候还是非常容易查，不过看了@Alex Yu 的回答，终于了解钱的去向，水太深。以上分析基本能猜到哪种是国企所为，哪种是私企所为了
第四个问题：放职工薪酬?这不是此地无银三百两吗，而且如果放工资薪金里这样就多此一举，如果放职工福利，税法规定企业职工福利费用不超过工资总额的14%可以税前扣除(企业所得税)，但是不是随便发点什么都叫职工福利的：在网上搜得这么一篇官方解答，防暑降温等职工福利费是否免征个人所得税?(国标)，基本上你能拿到的合规的发票所对应的项目都不在个人所得税扣除范围内，可以说：对于发给个人的福利，不论是现金还是实物，均应缴纳个人所得税。除了集体享受的、不可分割的、非现金方式的福利，比如健身房，总之一般的发票不能进福利费，能进福利费的对企业所得税影响也很小，而且大部分要交个人所得税，放职工薪酬是不打自招。
第二个问题：现在手工发票基本上逐步取消了，所以手工发票的假发票比例比较高，风险比较大，当然可以再税务局网站上输入发票号查询真伪。而机打发票，税法规定空头和个人抬头的发票不得作为企业费用税前扣除的，不过查不查，怎么查是税务局说了算，发票这么多税务局也懒得查，如果税务局想查，这些都是逃不掉的。
发票的性质很关键，决定能抵税还是适得其反，首先就是餐饮费，是要列入业务招待费的，只能60%税前抵扣，而且超过营业收入5‰的限额后就不能抵扣了，如果交多少发多少，用餐饮发票只会增加公司负担;办公用品费，只有附明细的才能税前抵扣，这个倒是简单;其他的暂时想不到。
第一个问题：全年都可以，如果是仅仅作为给职工的一项福利，一般会很有规律的分布在账本中，或者很均匀，每个月都有;或者很集中，过年过节的报点福利。如果是集中在年末而且没有规律，一般是想抵税，而且集中在年末下费用很容易被发现的。风险很大。
第六个问题：可以看出，只要是非正常支出都是漏洞百出的，有很大的税务风险，想查很简单，查不查，怎么查看税务局心情和查的成本，一般正规的企业或者效益好的企业不会为了这点钱去动脑子的，动这脑子的功夫都能赚数倍的钱了。这么做得到的利益跟风险是相当的，如果是给员工省点个人所得税，被查到顶多补交。再想多了，风险就更大了。这样能够给公司减的税负很轻。
理论上说这种行为是可以在一定程度上调动员工搜集发票的积极性的，至于员工的积极性，你发给员工的货币性的福利，员工都会默默的算到工资里去跟人做比较的，你不傻，员工也不傻
嗯，这只能叫抵税，不能叫避税
观点三
这个实际上是私企(未见过国企和机关这样做过)为了抵消向国家负担的税费的常见的财务处理。你的情况还算正规，毕竟发你工资的时候没有要求你出具发票。现实中更多企业是在社保局登记较低的工资水准，然后你工资超过社保那里登记的工资部分就要求你拿发票来领。这样企业可以将这部分工资做成成本入会计账。于是一方面减少了社保的缴纳额度，另一方面减少了账面利润从而承担较少营业税。
你的情况应该更多贵公司出于减少营业税的考虑。所以不可能出现你给2000发票他给你2000钱的情况，因为2000发票对贵公司而言只能抵消几十到几百块的营业税(不同税目税率不同)，随着营改增，其价值就越低。所以，别报太高期望。
最后叹一句，民企艰难啊。我一同学拿了100万做了个小生意，累死累活一年，年底发了工资奖金，最后自己的红利只有不到5万。
