对于关联方企业借款利息费用扣除问题，《国家税务总局关于印发<特别纳税调整实施办法（试行）>的通知》（国税发[2009]2号）作了进一步规定。不得扣除利息支出＝年度实际支付的全部关联方利息×（1－标准比例÷关联债资比例）。
根据财政部《关于做好执行会计准则企业2008年年报工作的通知》（财会函[2008]60号）规定：企业接受的捐赠和债务豁免，按照会计准则规定符合确认条件的，通常应当确认为当期收益。如果接受控股股东或控股股东的子公司直接或间接的捐赠，从经济实质上判断属于控股股东对企业的资本性投入，应作为权益**易，相关利得计入所有者权益（资本公积）。
【例】甲、乙是关联企业，2008年甲企业投资乙企业700万，占乙企业100％股份。2009年1月1日，乙企业从甲企业借款2000万，期限1年，年利率5%。
乙企业所有者权益构成及税务分析如下：
1-6月，每月实收资本500万元，资本公积100万元，未分配利润－50万元。
根据《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发[2009]2号）规定“权益投资为企业资产负债表所列示的所有者权益金额。如果所有者权益小于实收资本（股本）与资本公积之和，则权益投资为实收资本（股本）与资本公积之和；如果实收资本（股本）与资本公积之和小于实收资本（股本）金额，则权益投资为实收资本（股本）金额”计算。即税法上的权益投资大于或等于会计上的所有者权益，税法上的权益投资按照取数从大的原则处理。
1～6月所有者权益小于实收资本与资本公积之和，权益投资按实收资本与资本公积之和计算，则权益投资为600万元。
7～12月每月实收资本600万元，资本公积100万元，未分配利润100万元，所有者权益大于实收资本与资本公积之和，则权益投资为800万元。
计算各月平均权益投资＝（权益投资月初账面余额＋月末账面余额）÷12＝（600×6＋800×6）÷12＝700（万元）
各月平均关联债权投资＝2000万元
计算关联债资比例＝年度各月平均关联债权投资之和÷年度各月平均权益投资之和＝2000÷700＝2.86
不得扣除利息支出＝年度实际支付的全部关联方利息×（1－标准比例÷关联债资比例）＝2000×5％×（1－2÷2.86）＝120×0.2＝30（万元）
财政部、国家税务总局《关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税[2008]121号）第二条规定：企业的实际税负不高于境内关联方的，其实际支付给境内关联方的利息支出，在计算应纳税所得额时准予扣除。
假如甲公司实际税负高于乙公司，按照《企业所得税法》第六条的规定，甲公司已经将全部利息收入按照高税负交纳了企业所得税，本着公平税负的原则，对乙公司支付给甲企业的利息支出可以全部扣除。
假如甲公司实际税负不高于乙公司，则30万元的利息支出不可以当年扣除，也不可以转到以后年度。
按照权责发生制原则，乙企业会计处理如下：
借：财务费用 1000000
贷：应付利息 1000000
纳税调整：假如甲公司实际税负不高于乙公司，税法上允许税前扣除的利息为70万元，会计上列支的利息为100万元，按照《企业会计准则第18号——所得税》的规定，此30万元差异不属于暂时性差异，而是永久性差异，应该按照“调表不调账”的原则进行处理；如果甲公司实际税负高于乙公司，则不产生财税差异，不进行纳税调整。
关联企业取得的利息收入属于《企业所得税法》规定的企业所得税的应税收入，要按规定缴纳企业所得税。财政部、国家税务总局《关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税[2008]121号）第四条规定：企业自关联方取得的不符合规定的利息收入应按照有关规定缴纳企业所得税。
这里说的不符合规定的利息收入，包括借款方不得扣除利息支出，以及超过同期银行贷款利率的金额。
假设乙企业从甲企业借款2000万元，期限1年，年利率5％，与金融企业同期同类贷款利率相同。会计处理：
借：银行存款 1000000
贷：财务费用 1000000
假设乙企业从甲企业借款2000万元，期限1年，年利率5％，金融企业同期同类贷款利率为4％。会计处理：
借：银行存款 1000000
贷：财务费用 800000
资本公积 200000
纳税调整：关联企业之间融资超过银行同期利率的利息收入，显失公平，为防止上市公司操作利润，会计上将其计入所有者权益（资本公积），由此产生的财税差异分析属于永久性差异。
