税法分析：根据《中华人民共和国营业税暂行条例》规定：在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税人。无论合同如何约定，该房地产开发公司作为以房抵土地等款，是税法规定的纳税义务人。2、与县国资委签订的合同中关于税款约定的协议不合法。根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第三条规定，纳税人应当依照税收法律、法规的规定履行纳税义务;其签订的合同、协议等与税收法律、行政法规机抵触的，一律无效。某开发公司与国资委的“约定”违背了税法规定，根据《合同法》的相关规定，合同条款若与法律法规相抵触，不受法律的保护。
纳税人销售不动产的营业额为纳税人销售不动产时从购买方取得的全部价款和价外费用(含货币、货物或其他经济利益)。房地产开发公司以31套商住房作为安置房抵冲取得土地的价款及有关规费，该环节产生的税收应以某房地产开发公司作为纳税人要求其按规定期限申报缴纳。对逾期不缴或拒不缴纳的，应按《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。
根据上述规定，税务部门责成该开发公司以31套商住楼作价848万元所产生的近90万元税款应以该开发公司为纳税义务人，按期如实缴纳。
