在基层税务机关具体办理延期申报的工作当中，有两个问题难以把握：一是延期申报的最长期限;二是预缴税款如何确定。
对于预缴税款延期申报的最长期限，税收征管法及其实施细则没有明文规定，但有税务总局的文件可以比照执行。根据《国家税务总局关于四川省等遭受强烈地震灾害地区延期申报纳税的通知》(国税函〔2008〕409号)规定，延期时限由各省市在最长不超过三个月的期限内自行核准。由此可见，办理延期申报最长期限为三个月，和延期纳税期限相同。
对于预缴税款如何确定，一般有两种确定方式：一是根据税收征管法及其实施细则的规定，应按上月实际缴纳税款确定，无上月实际缴纳税款的，综合征管软件(CTAIS)通行规定是按其经营期内上推不超过12个月的月均实际纳税额确定。二是对于本期经营情况变动大的纳税人，依据《国家税务总局关于延期申报预缴税款滞纳金问题的批复》(国税函〔2007〕753号)规定，当纳税人本期应纳税额远远大于比照上期税额的预缴税款时，延期申报则可能成为纳税人拖延缴纳税款的手段，造成国家税款被占用。为防止此类问题发生，税务机关在审核延期申报时，要结合纳税人本期经营情况来确定预缴税额，对于经营情况变动大的，应合理核定预缴税额，以维护国家税收权益，并保护真正需要延期申报的纳税人的权利。
还有一个需要注意的问题是，预缴税款的结算是否涉及滞纳金问题。征管法及其实施细则的规定，纳税人根据税务机关确定的预缴税款额在规定的当期纳税期限内进行税款预缴，延期申报期满后纳税人要在核准的延期内办理申报、税款结算。根据国税函〔2007〕753号规定，在办理税款结算之前，预缴的税额可能大于或小于应纳税额。当预缴税额大于应纳税额时，税务机关结算退税但不向纳税人计退利息;当预缴税额小于应纳税额时，税务机关在纳税人结算补税时不加收滞纳金。
因此，税务机关在核准的延期内接受纳税人的申报，并进行税款清算，对核准延期内缴纳的税款不加收滞纳金;纳税人预缴税款大于实际缴纳税款的只退税不计退利息，预缴税款小于实际缴纳税款的不加收滞纳金。
