按照不同种类纳税人，营业税改征增值税后的应纳税额计算方式不同。
增值税一般纳税人适用一般计税方法，分别按照17％、11％、6％三档税率计算销项税额，应纳税额是销项税额减去进项税额后的余额。目前，增值税一般纳税人可以扣除进项税额的项目，主要是购进原材料、燃料、机器设备等货物，以及接受的应税劳务和应税服务。
增值税小规模纳税人则适用简易计税方法，按照不含税销售额乘以3％的征收率计算缴纳增值税。
此外，在试点期间，提供轮客渡、公交客运、轨道交通、出租车等公共交通运输服务的增值税一般纳税人，也可选择简易计税方法计税。
