《增值税暂行条例》第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：……
(二)非正常损失的购进货物及相关的应税劳务;(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务。
《增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，条例第十条第(二)项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
根据上述规定，企业因管理不善造成丢失存货的损失，为非正常损失，其进项税额不得从销项税额中抵扣，需作进项转出处理。
《国家税务总局关于商业零售企业存货损失税前扣除问题的公告》(国家税务总局公告2014年第3号)第一条规定，商业零售企业存货因零星失窃、报废、废弃、过期、破损、腐败、鼠咬、顾客退换货等正常因素形成的损失，为存货正常损失，准予按会计科目进行归类、汇总，然后再将汇总数据以清单的形式进行企业所得税纳税申报，同时出具损失情况分析报告。
《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2011年第25号)第三条规定，准予在企业所得税税前扣除的资产损失，是指企业在实际处置、转让上述资产过程中发生的合理损失(以下简称实际资产损失)，以及企业虽未实际处置、转让上述资产，但符合《通知》和本办法规定条件计算确认的损失(以下简称法定资产损失)。
第四条规定，企业实际资产损失，应当在其实际发生且会计上已作损失处理的年度申报扣除;法定资产损失，应当在企业向主管税务机关提供证据资料证明该项资产已符合法定资产损失确认条件，且会计上已作损失处理的年度申报扣除。
第五条规定，企业发生的资产损失，应按规定的程序和要求向主管税务机关申报后方能在税前扣除。未经申报的损失，不得在税前扣除。
第八条规定，企业资产损失按其申报内容和要求的不同，分为清单申报和专项申报两种申报形式。其中，属于清单申报的资产损失，企业可按会计核算科目进行归类、汇总，然后再将汇总清单报送税务机关，有关会计核算资料和纳税资料留存备查;属于专项申报的资产损失，企业应逐项(或逐笔)报送申请报告，同时附送会计核算资料及其他相关的纳税资料。
企业在申报资产损失税前扣除过程中不符合上述要求的，税务机关应当要求其改正，企业拒绝改正的，税务机关有权不予受理。
第九条规定，下列资产损失，应以清单申报的方式向税务机关申报扣除：(一)企业在正常经营管理活动中，按照公允价格销售、转让、变卖非货币资产的损失;(二)企业各项存货发生的正常损耗;(三)企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失;(四)企业生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失;(五)企业按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票、期货、基金以及金融衍生产品等发生的损失。
第十条规定，前条以外的资产损失，应以专项申报的方式向税务机关申报扣除。企业无法准确判别是否属于清单申报扣除的资产损失，可以采取专项申报的形式申报扣除。
根据上述规定，企业发生的存货丢失损失应以专项申报的方式向税务机关申报扣除。商业零售企业存货因零星失窃正常因素形成的损失，为存货正常损失，以清单的形式进行企业所得税纳税申报，同时出具损失情况分析报告。
